Hat gyerekkori jó barát, Jinta, Anaru, Yukiatsu, Tsuruko, Poppo és Menma együtt a Szuper Békevadászok. Mire felnőnek, már a barátságuk sajnos nem a régi. Mindannyian küzdenek a bűntudattal és senki nem meri felhánytorgatni a múltat. Mikor Menma újra megjelenik, Jinta megpróbálja a lehetetlent: Újra összehozni a Szuper Békevadászokat. A film a sorozat cselekménye után egy évvel játszódik. A barátok elhatározzák, hogy levelet írnak Menmának. Anaru viszont küszködik a levél megírásával, hiszen nem tudja, mit is mondhatna Menmának. Újra felelevenednek a fájó emlékek és van, aki még mindig az érzéseivel küzd

Zen, egy jakuza bérgyilkos, és a thaiföldi maffia főnökének szeretője szerelméből született. A kislány autista, ám rendkívül gyors reflexei vannak. Amikor anyjával egy harcművész iskola közelébe költöznek, Zen elkezdi figyelni az edzéseket, és döbbenetes módon tökéletesen végrehajtja a látott mozdulatokat. Édesanyja időközben beteg lesz, de a kezelésre nincs elég pénzük, habár rengeteg ember tartozik nekik. Zen elhatározza, hogy kamatoztatja frissen szerzett tudását és behajtja a pénzt az adósoktól, hogy megmentse rákbeteg édesanyját.

Két évvel járunk azután, hogy Edward saját maga feláldozásával visszajuttatta Alphonse-t a testébe, miáltal ő maga a mi világunkba (egész pontosan a 20-as évek Londonjába) került. A két testvér máig kutatja a visszatérés módját. Edward időközben kezdi otthon érezni magát "ideát"; felkutatta Alphonse alteregóját, és találkozott egy Noah nevű roma lánnyal, akit megmentett a rátámadó katonáktól. Tudtán kívül a Thule Társaság (a valóságban is létezett, a náci párttal kapcsolatban álló okkultista közösség) régóta keres egy bizonyos átjárót, ami az ígéret földjére, Shambalába juttathatja őket, és a lány is e célra kellett volna nekik. Már birtokukban a kulcs - Irigy (Envy), a Homonculus formájában, aki úgy tűnik végképp megragadt sárkány alakjában -, már csak egy alkimista hiányzik, aki ki tudja nyitni a kaput. Ednek és Alnak észnél kell lennie, ha meg akarják akadályozni, hogy mindkét világ nagy bajba kerüljön.

2133-ban a Földön globális háború dúlt, aminek következtében a népesség fele elhalálozott. Az emberek létrehozták az Olympost, ami egy nagy metropolisz. A háború sérültjeit részben kiborgokká alakítotották át. Ők biztosították a békét. Létrehozták az ES.W.A.T. nevezetű rendőrséget, amely egy különleges haderő az egész világra kiterjedő hatáskörrel. Hiába fáradoznak a szép új világ felépítésén a vezetők, még mindig akadnak olyanok, akik csak a pusztításra törekednek.

Sean Barker tulajdonába kerül egy idegen biofegyver, amelyet sokan szeretnének megkaparintani. Most újra meg kell találnia a Kronoszt (egy mutáns szervezetet), még mielőtt a tudósok fényt derítenek a biofegyver eredetére...