Carl Denham è un avventuroso produttore di documentari. Insieme a una giovane disoccupata di New York, Ann, parte alla volta di un'isola tropicale, Skull Island, abitata da un gigantesco e leggendario gorilla, King Kong. Il gorilla s'innamora della bella Ann e, preso in trappola, viene catturato da Denham. Portato a New York in catene, viene esibito. Ma King Kong riesce a liberarsi e a fuggire in cerca della sua amata Ann. Lo uccideranno sulla vetta dell'Empire State Building, dove si è rifugiato con la giovane donna, mitragliato da aerei da guerra.

L'impresario Kumayama esibisce alla curiosità della gente un gigantesco uovo rivenuto da alcuni pescatori sulla spiaggia di un'isola dopo una violenta tempesta. Egli non sa che l'uovo è sacro per gli abitanti della favolosa Infant Island, esseri di piccolissime dimensioni che venerano la dea falena Mothra e che guardano con ostilità gli uomini, colpevoli, tra l'altro, di inquinare l'ambiente con gli esperimenti atomici. Quando le Sobijin, due fate gemelle, vengono da Infant Island a reclamare l'uovo, Kumayama pensa di aggiungere anche loro alla sua attrazione e tenta di catturarle. Riuscite a fuggire e trovato rifugio in una foresta, diventano amiche di due giornalisti e di uno scienziato "buono" che stanno organizzando un servizio fotografico. Gli uomini promettono di aiutare le due piccole straniere, ma quando stanno per tornare in città scorgono l'immensa mole di Godzilla: il mostro atomico...

Nonostante il titolo del film richiami il nome di King Kong, egli non compare realmente nella storia e non è protagonista; il personaggio principale è invece il Titano-Kong. Gli alieni sono nuovamente intenzionati a conquistare la Terra, utilizzando Titanosaurus e una nuova versione del Mechagodzilla. Titano-Kong è stato scoperto dal dottor Mafune, che collabora con gli alieni in quanto essi hanno riportato in vita come cyborg la figlia dello scienziato, Katsura, impiantandole nel cervello i comandi dei due mostri. Titanosauro e MechaGodzilla attaccano Yokosuka, che viene difesa da Godzilla. Ma i due avversari sono troppo forti per Godzilla, che viene sconfitto...

New York, 1933. Durante la Grande Depressione la fame di fama conduce una troupe cinematografica su un'isola misteriosa per girare un film spettacolare e avventuroso. A bordo della Venture salpano Carl Denham, regista ambizioso, Ann Darrow, un'attrice esordiente e Jack Driscoll, un drammaturgo intellettuale prestato al cinema. Durante una tempesta la nave si incaglia sugli scogli dell'Isola del Teschio, una terra fuori da ogni mappa e governata da un colossale scimmione, Kong, a cui viene offerta in sacrificio la bella Ann. Gli uomini della Venture, nel tentativo di salvare la fanciulla, cattureranno Kong e lo "trasferiranno" a Manhattan per esibirlo come fenomeno da fiera. Ma Re Kong spezzerà le catene e scalerà l'Empire State Building ghermendo di nuovo la bella dai capelli d'oro.

Mr. Tako, presidente di un'industria farmaceutica giapponese, viene a sapere dell'esistenza di una sorta di grossa bacca che cresce sull'isola di Farou e che avrebbe effetti curativi miracolosi. Non solo: pare anche che i nativi adorino un enorme scimmione chiamato King Kong, che nella mente perversa di Tako appare già come il testimonial ideale per i suoi prodotti. Trasferito a Tokyo, King Kong dovrà vedersela col mostro Godzilla, riportato accidentalmente in vita da un cataclisma...

Agli albori dell'umanità Tumack, figlio del feroce capotribù Aknoma, tenta di ribellarsi all'autorità del padre, ma gli va male ed è costretto a fuggire. In riva al mare incontra Loana che lo salva dall'attacco di una tartaruga marina. Nel frattempo Aknoma è stato destituito da Sekoma, fratello del nostro eroe, anche se per lui il ritorno a casa non sarà comunque agevole.

Tumak, membro della tribù preistorica delle Rocce, viene esiliato e si unisce alla più pacifica tribù delle Conchigli, dove si la bella Loana gi insegna le buone maniere. Costretto a lasciare la tribù delle Conchiglie per combattere, Tumak, insieme a Loana, tornare alla tribù delle Rocce, ai quali Loana mostra loro l'errore dei loro modi brutali - fino a quando il vulcano erutta!

Un paleontologo assetato di celebrità uccide un collega per avere le foto che provano la sopravvivenza, in Africa, di un'ultima generazione di brontosauri. Poi si fa appoggiare da un esercito guerrigliero per catturarne un cucciolo con la madre, ma una sua ex allieva con il marito gli mettono i bastoni tra le ruote.

In una Chicago del futuro, dove i viaggi nel tempo sono un business, Charles Hatton è capo della Time Safari Inc, ditta specializzata in battute di caccia nella preistoria, che devono svolgersi facendo attenzione a non alterare o prelevare qualsiasi oggetto o forma di vita del passato.Uno dei cacciatori calpesta e uccide inconsapevolmente una farfalla, quello che sembrava essere un episodio di poca rilevanza, sconvolgerà gli equilibri causando un radicale cambiamento nel futuro e mettendo a rischio l'esistenza dell'intera umanità. La semplice sparizione della farfalla dall'ecosistema di 65 milioni di anni prima, fa sì che nel tempo presente si creino delle onde temporali a scadenza periodica, ed ognuna di esse alteri progressivamente l'ecosistema, ma anche la flora e la fauna del tempo presente.