Хаиме Рејес који је недавно завршио колеџ враћа се кући пун тежњи за својом будућношћу, само да би открио да дом није баш онакав какав је он напустио. Док тражи своју сврху у свету, судбина интервенише када се Џејми неочекивано нађе у поседу древне реликвије ванземаљске биотехнологије: Скарабеја.

Претходећи догађајима из X-Мен трилогије, филм X-Мен порекло: Вулверин епска је прича о Вулвериновој насилној, али и романтичној прошлости те његовом сложеном односу с Виктором Кридом и злогласним програмом Оружја X. Вулверин сусреће бројне мутанте међу којима се појављују и неке од легенди света X-Мена које већ дуго нисмо видели.

У далекој 2065. години, људи планирају нови велики напад на злонамерне ванземаљце, предвођени генералом Хеином), који је смислио план чијим би се провођењем уз противнике уништила и сама планета. За то време, изврсна млада научница, докторка Аки Рос, труди се да разоткрије тајне бића из свемира, чиме не спашава само планету, него и себе, с обзиром да је заражена ванземаљским бактеријама. Аки, њен ментор доктор Сид и пријатељ Греј очајнички траже мирно решење ситуације, али чини се како је Хеин све нестрпљивији...