V druhom pokračovaní trilógie Matrix Neo (Keanu Reeves) spoločne s Morphom (Laurence Fishburne) a Trinity (Carrie-Anne Moss) bojujú proti počítačovým vládcom univerza. Chcú zastaviť zotročenie ľudstva a nemajú inú možnosť ako boj na život a na smrť. Sú nútení preniknúť hlboko do štruktúr Matrixu a v priebehu sedemdesiatich dvoch hodín objaviť a zlikvidovať centrum Zion i s jeho pomocnými jednotkami. A aby toho nebolo málo, Neo sa zo svojich temných nočných mor dozvie, že Trinitiným osudom je smrť. Neo sa však proti osudu už raz dokázal vzbúriť. Medzitým sa Trinity a Morpheus snažia zachrániť Kľúčiara, ktorý dokáže otvoriť každé dvere v Matrixe a je dôležitou zbraňou ľudí v boji proti strojom. I medzi robotmi prebieha súperenie o nadvládu nad virtuálnou realitou. Zároveň sa snažia objaviť posledné ľudské mesto Zion, ukryté v hlbinách Zeme. Všetky udalosti neodvratne smerujú k veľkej vojne ľudí proti strojom.
Mladý Brian O'Connor navštívi bar, ktorý patrí kráľovi nelegálnych mestských pretekov Dominicovi Torretovi. Tu sa najskôr dostane do sporu s členom Torretovej bandy a vzápätí Dominicovi navrhne, že by chcel tiež jazdiť. Večer sa dostaví na štart tajných pouličných závodov v špeciálne upravených autách. Pretekov sa síce môže zúčastniť, ale musí použiť vlastné vozidlo. Pri divokej jazde sa mu spočiatku darí, dokonca na chvíľu predbehne aj Dominica, neskôr mu však zlyhá motor a skončí ako posledný. Sotva dorazí do cieľa, pretekári sa stanú terčom policajnej razie. Brian vo svojom voze zachráni Dominica pred zatknutím. Počas naháňačky sa však dostanú na územie konkurenčného gangu, ktorý riadi Číňan Johny Trano. Ten má s Dominicom nevybavené účty nielen kvôli niektorým zmareným obchodom, ale aj preto, že zviedol jeho sestru. Dominic vie, že Brian pracuje v špecializovanej autodielni a rovnako ako on sedel dva roky za krádeže áut, ale...
V záverečnej časti trilógie vedie armáda Zionov, podporovaná odvážnymi civilnými dobrovoľníkmi, neúprosný boj, aby odvrátila inváziu Sentinelu. Zostávajúce ľudské pokolenie bojuje nielen o holé životy, ale o budúcnosť ľudstva samotného. Neznámy prvok otrávi mužstvo a ničivého plánu Smitha sa okamžite zmocní Bane, člen konvoja. Každým ďalším okamihom sila rastie. Smith je za hranicou kontroly robotov a teraz hrozí zničenie ich ríše, reálneho sveta Matrixu.
Zdalo sa, že v roku 1996 sa stretli naposledy - superpolicajt John Spartan a superzločinec Simon Phoenix to vtedy „trochu“ prehnali a zavinili smrť skupiny rukojemníkov. Za trest boli preventívne zmrazení... Uplynie niekoľko rokov a svet sa zmení. V roku 2032 je San Angeles nové nielen názvom, ale aj poriadkom a dokonalým životným štýlom. Ideálnemu, ale zároveň nudne dokonalému mestu vládne Dr. Raymond Cocteau. V podzemí sa však ukrýva skupina vzbúrencov, ktorí sa novým pomerom odmietajú prispôsobiť. Zaslepený Dr. Cocteau preto nechá rozmraziť zločinca Phoenixa a poverí ho likvidáciou vzbúrencov. Phoenix sa však vymkne spod kontroly a obyvatelia San Angeles sa ocitajú v smrteľnom nebezpečenstve. Mladá a krásna policajtka Lenina Huxleyová síce túžila po troške vzrušenia, ale na brutalitu dávno neznámych zločinov ona ani celý policajný zbor jednoducho nestačia. Preto sa mesto rozhodne rozmraziť drsného svalovca Spartana, pretože iba on môže zastaviť orgie krutosti a násilia.
V monštruóznom podzemnom labyrinte žijú uniformovaní obyvatelia, ktorým ich holohlavé lebky dodávajú odľudštenú vizáž. Ich životy sa riadia presným stereotypom a príkazmi "zhora", celé ich životné snaženie je nasmerované výlučne na zvyšovanie produktivity. Hlavný hrdina je jedným z mnohých nádenníkov v tomto ohromnom ľudskom mravenisku a i jeho osobnosť - rovnako ako osobnosť jeho kolegov - je symbolicky zredukovaná do znakov jeho mena - THX 1138. V tomto svete bez individuálnych ľudských životov, emócií a vášní nie je priestor pre nepredvídané a nevypočítateľné. Preto sú všetci obyvatelia povinní užívať denné dávky sedatív, utlmujúcich akékoľvek spontánne ľudské prejavy. Za ich nepovolené vysadenie hrozí prísny trest.
Vedec a vynálezca Alexander Hartdegen je pevne rozhodnutý dokázať, že cestovanie časom je možné. Je tou myšlienkou doslova posadnutý a navyše sa v jeho osobnom živote odohrá tragédia, ktorá ho prinúti vývoj stroja maximálne urýchliť. Jeho veľká láska zomiera pri nehode, a tak sa rozhodne vrátiť do minulosti a pokúsiť sa tejto tragickej udalosti zabrániť. Pri testovaní svojho stroja sa však omylom dostane o 800 000 rokov do budúcnosti. Svet vyzerá úplne inak a ľudstvo sa za tú dobu dosť podstatne zmenilo. Platí tu jediný zákon a Alexander si teraz svoju úlohu musí vybrať sám. Buď sa stane lovcom, alebo korisťou.
Frank Warren (Rutger Hauer) se snoubenkou Noelle (Joan Chen) a nejlepším přítelem Samem (James Remar) uloupí diamanty v hodnotě dvacet pět milionů dollarů. Noelle a Sam se pokusí Franka zabít a shrábnout všechno sami, ale Frank již předem diamanty ukryl jinde. Naštěstí přežije, ale je odsouzen na doživotí v novém experimentálním vězení Táboře Holliday, provozovaném velikášským sadistickým správcem Wardenem Hollidayem (Stephen Tobolowsky). Toto vězení má oproti ostatním několik nedostatků. Nemá stráže, zdi ani mříže a navíc je smíšené. Jediným způsobem udržení zločinců na místě se tak stává elektronický obojek se silnou výbušninou kolem krku. Je to vlastně jakési pouto mezi dvěma různými vězni, kteří se od sebe nesmí vzdálit ...