Bижтe кaк зaпочнa вcичко в тaзи нaпpeгнaтa пъpвa чacт от caгaтa "Х-Мен". Пpeди Чapлc Кcaвиe и Epик Лeншъp дa cтaнaт Пpофecоp X и Мaгнито, тe ca били млaдeжи, откpивaщи зa пъpви път cвpъxecтecтвeнитe cи cили. Пpeди дa cтaнaт вpaговe, тe ca били нaй-близки пpиятeли, които cъбиpaт eлитeн отpяд от мутaнти, зa дa пpeдотвpaтят Тpeтa cвeтовнa войнa!
След като години наред са били защитени от човешкия свят, братята Костенурки се опитват да спечелят сърцата на нюйоркчани и да бъдат приети като нормални тийнейджъри чрез героични постъпки. Новата им приятелка Ейприл О'Нийл им помага да се справят с мистериозен престъпен синдикат, но скоро се оказва, че са надминали възможностите си, когато срещу тях е пусната армия от мутанти.
Човешки същества са мутирали и придобили не съвсем човешки качества и физически възможности. В канадската пустош избягалият млад мутант Роуг и възнервничкият Върколак са нападнати от Съблезъб. Той е едни от слугите на всемогъщия злодей Магнито. За щастие, Циклоп и Буря, възпитаници на професор Чарлз Ксавие, се намесват и ги връщат обратно в академията за даровити деца. Професор Ксавие е богат мутант, основал институт край Ню Йорк за обучение на млади мутанти. Там те се учат да бранят себе си и света от Магнито и неговото Братство на зли мутанти.
Изминали са няколко месеца, откакто Х-мен са победили Магнито и са го затворили в пластмасова камера. Един ден мутант, подвизаващ се с името Нощна сянка, се внедрява в Белия дом и прави опит да покуши президента. Междувременно Лоуган се опитва да разкрие миналото си и защо е станал мутант. Но търканията между хората и мутантите стават все по-сериозни. Учен на име Уилям Страйкър получава задача да открие тайното училище на Професор Х и приспособлението му, наречено "Церебро".
За първи път мутантите имат избор – да запазят своята уникалност, въпреки че тя ги изолира и отчуждава от хората, или да се откажат от силите си и да станат нормални. Противоположните гледни точки на лидерите Чарлс Ксавиер, който проповядва толерантност, и Магнито, който вярва в естествения подбор, са изправени на последно изпитание, като подпалват войната на всички войни.
Мутиралите акули от "Акулско нападение 1" се завръщат отново, но този път тяхното място за ловуване е Кейптаун, Южна Африка.
Двама американски туристи на романтично къмпинг пътуване са брутално убити. Няколко дни по-късно, по време на древния фестивал на Самхейн, група американски студенти се преместват в красива вила, заобиколена от гъста гора и величествено езеро. Но в останките на една изоставена медна мина, живеят предците на кръвосмесителен клан от канибали.