لوگان (هیوجکمن) در ژاپن به سر می برد و در آنجا با سامورایی ها درگیر می شود و نبردی حماسی برای او رقم می خورد که زندگی او را برای همیشه تحت تاثیر قرار میدهد...
داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط "شریدر" در نیویورک منتشر شود، رخ میدهد. خبر می‌رسد شریدر توانسته از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می‌رود تا با استفاده از قابلیت‌های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند...
جین گری قدرتی خارق العاده دارد که او را به ققنوس سیاه تبدیل می‌کند. حال مردان ایکس باید تصمیم بگیرند که زندگی یک نفر از اعضای تیم مهم است یا تمامی مردم
داستان درباره 4 لاک پشت نینجا به نام های لئوناردو، رافائل، میشل آنجلو و دوناتلو می‌باشد که باید در برابر دشمنی اهریمنی و بدجنس به نام "شرودر" ایستادگی نمایند و...