داستان طومار نینجا درباره یک شمشیرزن بدون استاد و سرگردان به نام کیباگامی جوبی است که به تنهایی سفر می‌کند و به استخدام کسانی که به او به عنوان پاداش طلا و چیزهای با ارزش می‌دهند در می‌آید. در آن زمان ژاپن در بحران به سر می‌برد و بیماری طاعون در حال نابودکردن روستاها بود و حتی خود دولت ژاپن را نیز درگیر کرده بود. جوبی نیز به طور غیرمستقیم درگیر برنامه یک گروه شیطانی به نام ۸ شیطان شد، که هدف آن‌ها تسخیر ژاپن بود.
داستان این انیمیشن در مورد زندگی روزمره یک خانواده ژاپنی به نام «یامادا» است. زندگی روزمره‌ای که اتفاقات زیادی را شامل می‌شود؛ از گم‌شدن یک کودک در فروشگاه گرفته تا روابط بین پدر و پسر، زن و شوهر، و ماجرای اولین دوست دختر-پسر خانواده که با طنزی شیرین و درعین‌حال باورپذیر تعریف می‌شود ...