전 세계에 퍼진 치명적인 바이러스인 시미안 플루로 인해 유인원들은 나날이 진화하는 반면, 살아남은 인간들은 점차 지능을 잃고 퇴화해 간다. 멸종 위기에 처한 인간들은 유인원의 리더 시저를 찾아 없애려 하지만, 숲에 머물고 있다는 시저는 몇 년째 은신한 채 모습을 드러내지 않는다. 어느 날 인간 군대의 리더 대령(우디 해럴슨)이 시저의 거처를 급습해 그의 가족을 죽이는 사건이 일어난다. 분노한 시저는 오랫동안 함께해 온 동료 모리스(카린 코노발), 로켓(테리 노터리) 등과 함께 복수의 여정을 떠난다.

모든 감정이 통제되고, 사랑만이 유일한 범죄가 된 감정통제구역. 어느 날 동료의 죽음을 목격한 사일러스(니콜라스 홀트)는 현장에서 니아(크리스틴 스튜어트)의 미묘한 표정 변화를 보고 그녀가 감정보균자임을 알게 된다. 이 감정을 기억해 니아를 관찰하던 사일러스는 생전 처음으로 낯선 감정을 느끼고 감정 억제 치료를 받지만, 니아를 향한 마음은 점점 커져만 간다. 처음으로 사랑이란 감정을 느끼게 된 사일러스와 니아는 서로의 마음을 확인하고 사랑을 나누지만 뜻하지 않은 위기에 처한다. 결국 두 사람은 사랑을 지키기 위한 탈출을 결심하는데...