Sõjaeelses Itaalia väikelinnas põrkab kukerpallitava fantaasiaga juudi raamatukaupmehe seikluslik armastuslugu kokku selle sajandi suurima hävituslooga. Mees viiakse koos väikese pojaga koonduslaagrisse just poisi sünnipäeval. Et mitte alla anda, mitte uppuda käsitamatus ebainimlikus hiigellaines, et anda lapsele mingigi elusädet alal hoidev stiimul, sisendab isa pojale, et kogu lugu on vaid mäng, kus vastupidamise eest antakse punkte - varsti-varsti lõpebki, pea vastu, meie juhime edetabelit!

Viis New Yorgi kurikuulsat petturit ja varast reastatakse politseijaoskonnas rivvi. Peagi on neist kõik peale ühe surnud, pärast plahvatust laevas. Ellu jäi lombakas Verbalil, kellel ei jää muud üle kui rääkida politseile kõik, mis toimus peale ülesrivistust ning enne plahvatust laevas.

Edward Bloom on kogu oma elu olnud suurte isude, tohutute kirgede ja pikkade lugude mees. Hilisematel aastatel jääb ta oma pojale Williamile tohutuks saladuseks. Nüüd, tõelise mehega tutvumiseks, hakkab Will kokku panema oma isast tõetruu pilti tema imeliste seikluste tagasilöökidest.

Psühholoog Chris Kelvin saadetakse Solarise planeedile rajatud baasi, et asendada seal enesetapu sooritanud doktorit. Kosmosejaamas kohtub Chris kahe ellujäänuga, dr. Snautiga ja dr. Sartoriusega, kes on aga väga salatsevad. Nad soovitavad Chrisil aega võtta ja kohaneda, peagi aga hakkavad meest häirima veidrad pildid ja helid, kaasa arvatud ilmutused tema seitse aastat tagasi surnud naisest.

On aasta 1972. Selle aasta olümpiamängud toimusid Münchenis - Lõuna Saksamaa keskuses. Aga need mängud läksid ajalukku millegi muu, kui sportlike tulemuste poolest. Palestiina terroristliku organisatsiooni "Must september" liikmed võtsid pantvangi 11 Iisraeli delegatsiooni liiget. Keegi neist ei pääsenud eluga. Pärast neid traagilisi sündmusi otsustab Iisraeli valitsus kavandada ulatusliku salaoperatsiooni, et karistatud saaksid kõik asjaosalised. Film põhineb tõsielulistel sündmustel.

Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.

Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.