Hanna er 16 år gammel. Hun er intelligent, vitebegjærlig, vakker - og opplært til å drepe. Etter å ha gjemt seg i skogene nord for polarsirkelen det meste av sitt liv, hvor hun har blitt trent som en soldat av sin far, Erik, vender hun tilbake til sivilisasjonen. Der venter Marissa Wiegler, en hensynsløs etterretningsleder i C.I.A. som har ett mål: å utslette den helt spesielle ungjenta. Samtidig som Hanna får vite om hendelsene som gjorde henne til en drapsmaskin, må hun slåss for å overleve - og for alltid bli kvitt personen som bærer ansvaret for hvordan livet hennes har blitt.

En etterforsker undersøker en rekke grusomme drap på grensen mellom Indonesia og Malaysia, og blir tvunget til å konfrontere sin egen fortid.