에덴의 동산 게임에서 빨간 사과가 모이지 않는다에 베팅을 했던 주최자 중 한 명인 오메가는 2년 후 다시 부활하여 아키야마 신이치에게 복수할 준비를 한다. 한편 오메가의 동생이 자살을 하게 되고, 동생의 딸 오쿠무라 앨리스를 오메가가 입양하여 LGT 사무국의 직원으로 받아들인다. 신생 LGT 사무국은 사전 준비로 후쿠나가 유지를 이용하기 위해 터부 게임을 준비. 요코야가 이길 것이라고 확신하는 오메가는 요코야에게 이기면 돈을 더 주겠다는 조건을 걸고 터부 게임 이라는 요코야 노리히코와 후쿠나가 유지의 1:1 게임을 연다. 오메가의 예상대로 후쿠나가는 게임에서 패배하여 1억 엔의 빚을 진다. LGT 사무국은 자신들이 시키는 대로 하면 후쿠나가의 빚을 변제해주겠다는 조건을 내건다. (라이어 게임 -재생-의 프리퀄격 스핀오프 '후쿠나가 vs 요코야' 참고) 이번 LGT 사무국은 아키야마 신이치에게 복수하기 위해 의자뺏기 게임이라는 게임을 준비한다. 이 게임은 특별히 아키야마에게 필적할 수 있을 법한 강적들로만 플레이어들을 모은다. 사무국은 우선 아키야마를 유인할 미끼로 쓰기 위해 아키야마의 제자 중 한 명인 시노미아 유우를 게임에 끌어들이고, 후쿠나가 유지를 통해 아키야마에게 게임의 초대장을 전달한다. 결국 어쩔 수 없이 게임에 참가하게 된 시노미아와 아키야마, 아키야마는 거기서 파이널 스테이지 때 함께했던 동료인 사카마키 마에와 다시 마주한다. 게임이 진행되던 도중 아키야마 신이치는 시노미아 유우에게 간단한 심리테스트를 한다. 이 심리테스트의 의미는 영화 마지막에 밝혀진다.

피터팬, 그 전설이 시작된다! “이야기를 하나 해줄게요. 어른이 되지 않는 아이, 그 아이를 죽이려는 해적, 그리고 요정들이 사는 섬에 대한 이야기예요. 하지만 여러분이 들어본 이야기가 아니에요. 왜냐하면 처음엔 적이 친구였다가 친구가 적이 되었거든요. 때론 결말을 제대로 이해하려면 이야기의 시작을 알아야만 하죠” 갓난아기였을 때 고아원에 버려져 여느 소년들과 다름 없이 자란 ‘피터’ 네버랜드를 장악한 해적 ‘검은 수염’ 일당들에게 납치되어 끌려가면서 자신의 출생에 얽힌 비밀을 알게 된다. 한편 검은 수염은 ‘하늘을 나는 소년이 나타나 자신에게 대적한다’는 예언의 주인공이 피터임을 알아채고 그를 제거하려 한다. 이에 피터는 검은 수염에게 대적하기 위해 네버랜드에서 만난 후크와 힘을 합치게 되는데… 과연 피터는 최고의 전사 ‘팬’이 될 특별한 운명의 구원자가 될 것인가!