1560년, 스페인 원정대는 아마존 강 기슭에 있다는 황금의 도시 엘도라도를 향해 모험을 나선다. 아무도 가보지 않은 전설의 땅으로 가는 길이 험난해지자 피사로 장군은 우루수아를 대장으로 임명하고, 40명의 선발대를 뗏목에 태워 강으로 먼저 보낸다. 원정대와 선발대가 약속한 사전 조사 기간은 일주일, 하지만 엘도라도에 대한 강한 정복욕에 사로잡힌 아귀레는 대장 우루수아를 가두고 반란을 일으킨다. 배고픔과 질병, 식인종들의 습격 속에서 작은 뗏목은 커다란 광기에 휩싸이는데...
18세기, 극단의 시대. 원주민 과라니족의 마을로 선교활동을 온 ‘가브리엘 신부’와 살인 복역수 ‘멘도자’는 포르투갈 영토에 편입되어 죽음의 위기에 처한 원주민들을 목격한다. 무력 VS 비폭력 이들을 지키기 위해 서로 다른 선택을 감행하는 두 사람, 과연 두 사람은 그들을 지켜낼 수 있을까?
엘르 마리아는 순록을 키우며 살아가는 스칸디나비아 렙랜드의 원주민 사미 족의 소녀. 1930년대의 인종주의와 인종생체학에 의해 박해받던 엘르는 새로운 삶을 꿈꾸며 도시로 탈출한다. 이제 그녀는 가족과 자신의 정체성을 다 버린 채 새로운 사람이 되어야 한다.
건축 기사인 빌 마캄은 아마존댐 건설 중 정글에서 일곱살난 아들 토미를 잃어버리고 고독한 탐색 작업을 한다. 10년간의 추적 끝에 토미의 실종이 인디오와 관계있음을 알게 된 그는 아마존을 탐색하다 어느 큰 폭포앞에 이르른다. 그 때 갑자기 기분 나쁜 소리가 들려오고 인디오들이 빌을 습격하기 시작하지만, 어디선가 날아온 화살이 그를 구한다.
1876년 리틀빅혼의 전투 이후 수족 출신의 오히에사는 감옥에 있는 동안 기독교로 개종한다. 그리고 백인들의 사회에 속해 살기를 원하는 아버지를 따라 이름을 '찰스 이스트먼'으로 개명하고, 백인들의 학교에서 교육을 받으며 그들 사회의 일원으로 성장한다. 그는 뛰어난 학업성적으로 의사가 되어 인디언 문제에 관심이 많은 헨리 도스 의원과 여류시인이자 인디언 언어를 배우는 엘레인을 알게 된다. 한편, 수족 중에서도 끝까지 백인에게 저항하던 추장 앉은 황소는 백인 군인들에게 패배, 풍요로운 그들의 땅 블랙힐에서 쫓겨나 캐나다 국경까지 부족을 이끌고 떠난다. 그러나 춥고 먹을 것이 없는 땅에서 견디지 못하고 결국 인디언 보호구역인 파인릿지로 돌아오게 된다. 어느날 파인릿지에 각종 전염병이 돌고 그 곳에서 아이들을 가르치던 엘레인은 찰스에게 편지를 보내 사정을 알린다. 이야기를 들은 찰스는 의사로 자원해 가지만 열악한 환경과 정부의 무관심으로 연일 죽어 나가는 아이들을 보며 무력감을 느끼는데...
“울면 죽여버리겠다”는 말이 귓가에 맴도는 가운데 알마와 그녀의 아이들은 살해된다. 30년 후, 민간인 대량학살의 주동자였던 퇴역장군 엔리케는 유족들로부터 형사 소송을 당한다. 그는 유죄를 선고받지만 부당한 세부조항으로 인해 석방된다. 분노한 유족들은 그의 대저택 앞에 모여 시위를 벌이고, 엔리케의 가족들은 혼란 속에서도 나름의 평정을 찾아간다. 그러나 엔리케의 신경쇠약 증상은 점점 심해지고, 밤이 되면 여인의 울부짖는 소리가 들린다며 소동을 피운다. 불안감에 휩싸인 저택의 고용인들은 모두 그들 곁을 떠나고 곧 새로운 가정부가 고용된다.
파라과이의 원주민, 아요레오 토토비에고소데 부족. 지난 수세기 동안 외부와의 접촉 없이 나무와 동물들에 둘러싸여 살던 이들이 급속한 산림 파괴로 생활 터전을 빼앗기고 있다. 파즈 엔시나 감독은 아요레오족의 신화와 역사, 현실을 엮어, 파괴된 마을과 공동체를 뒤로하고 황폐한 평원을 배회하는 소녀의 이야기를 창조한다. 에아미, 아요에로 원주민들의 말로 숲과 세계를 뜻하는 이름을 가진 소녀의 이야기다.
뜨겁고 습한 아마존의 정글. 사람이 살수 없을 것 같은 이 오지에 매력적이고 활동적인 여인 알리사 로스만과 괴팍한 성격의 사진기자 R.J.가 도착한다. 환경 보호 운동가 암살사건을 조사하기 위해 이 곳에 온 R.J.와 그의 작업을 돕기 위해 온 알리사는 도착한 순간부터 계속 충돌한다. 덥고 습한 날씨와 더불어 야생동물과 원시 부족의 위협속에서 사건의 진상을 밝혀가던 두 사람은 위기의 순간을 넘기면서 서서히 동료로서의 유대감을 넘어선 야릇한 감정을 느낀다. 사건의 실마리가 풀려가면서 두 사람의 사랑은 무더운 날씨만큼이나 뜨겁게 불타오르는데…