Ένας συγγραφέας μαζί με την οικογένειά του αναλαμβάνουν τη συντήρηση ενός χειμερινού θέρετρου στο οποίο αποκλείονται λόγω των ακραίων καιρικών συνθηκών.
Μετά από μια παράξενη συνάντηση σε ένα πάρτι, ένας σαξοφωνίστας κατηγορείται για το φόνο της γυναίκας του και μπαίνει στην φυλακή. Εκεί μεταμορφώνεται ανεξήγητα σε ένα νεαρό μηχανικό αυτοκινήτων και όταν ελευθερώνεται προσπαθεί να ζήσει μια καινούρια ζωή.
Ο Προτ, νεοφερμένος στην ψυχιατρική κλινική του Μανχάταν, ισχυρίζεται ότι έρχεται από το μακρινό πλανήτη Kέι-Παξ. Ο ψυχίατρος που αναλαμβάνει να τον θεραπεύσει αντιλαμβάνεται ότι ο υποτιθέμενος "εξωγήινος" επηρεάζει θετικά την ψυχική κατάσταση των υπόλοιπων ασθενών της πτέρυγας.
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Ο Ζορζ, παρουσιαστής λογοτεχνικής τηλεοπτικής εκπομπής, αρχίζει να λαμβάνει ανώνυμα πακέτα με βιντεοκασέτες που δείχνουν τον ίδιο σε οικογενειακές στιγμές. Δεν έχει ιδέα ποιος μπορεί να τα στέλνει και τι αποζητά, όταν όμως το περιεχόμενο στις βιντεοκασέτες γίνεται όλο και πιο προσωπικό, ο Ζορζ νιώθει ότι ίσως ο αποστολέας να είναι από τον στενό του κύκλο. Κι ενώ η αίσθηση του κινδύνου και της βίας που μπορεί να ξεσπάσει αναπάντεχα είναι διάχυτη στην ατμόσφαιρα, η αστυνομία, εφόσον δεν υπάρχει συγκεκριμένη απειλή, αρνείται οποιανδήποτε βοήθεια... Τα στοιχεία οδηγούν σε έναν άνδρα που κρατάει κακία στον Ζορζ από ένα επεισόδιο στην παιδική τους ηλικία. Τι συνέβη τότε και πού ακριβώς αποσκοπεί ο αποστολέας; Η αντιπαράθεση του Ζορζ με το παρελθόν του σύντομα αρχίζει να υπονομεύει την ίδια του - ευυπόληπτη και ασφαλή μέχρι τότε - ύπαρξη.
Ο Will Graham ειναι ενας ταλαντουχος πρακτορας του FBI, που ειδικευεται στην αναλυση των μεθοδων και του τροπου σκεψης ειδεχθων εγκληματιων. Μετα απο μια αποστολη που του προξενησε ψυχικες διαταραχες, αποσυρθηκε. Τωρα ομως το υπηρεσια τον χρειαζεται ξανα.
Μία μέρα πριν από το 2000, σε ένα Λος Αντζελες όπου επικρατεί χάος, ένας πρώην αστυνομικός που εμπορεύεται παράνομα MiniDisc εικονικής πραγματικότητας θα βρεθεί μπλεγμένος στο φόνο ενός μαύρου ράπερ που είναι δημοφιλής στις καταπιεσμένες κοινωνικές ομάδες.
Η έρευνα μιας σειράς φόνων από έναν κατ’ εξακολούθηση δολοφόνο με το ψευδώνυμο «Τα Χέρια του Θεού» οδηγεί έναν πράκτορα του FBI να παρακολουθήσει την διήγηση της ιστορίας μίας συγκεκριμένης οικογένειας, το μικρότερο μέλος της οποίας ισχυρίζεται ότι γνωρίζει το δράστη.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Η Heather Langenkamp, γνωστή πρωταγωνίστρια που ερμήνευσε την Nancy στην πρώτη και στη τρίτη ταινία της σειράς "Εφιάλτης στο Δρόμο με τις Λεύκες", είναι πλέον παντρεμένη κι έχει αποκτήσει ένα παιδί. Η ζωή της όμως μόνο φυσιολογική δεν μπορεί να χαρακτηριστεί, αφού βασανίζεται από εφιάλτες με ήρωα τον Φρέντι Κρούγκερ και ζει ξανά παλιές περιπέτειες.
Όταν μια νεαρή γυναίκα εξαφανίζεται και η αστυνομία δεν μπορεί να βρει άκρες, ο πατέρας της στρέφεται σε μια φτωχή νεαρή γυναίκα με ψυχικές δυνάμεις. Σύντομα αρχίζει να έχει οράματα της γυναίκας αλυσοδεμένη σε μια λίμνη. Τα οράματά της οδηγούν στο πτώμα και στη σύλληψη ενός συζύγου που κακοποιούσε την γυναίκα του, αλλά το έκανε αυτός πραγματικά;