Après des années passées loin du monde des humains, les frères Tortues entreprennent de gagner le cœur des New-Yorkais et d'être acceptés comme des adolescents normaux grâce à des actes héroïques. Leur nouvelle amie April O'Neil les aide à s'attaquer à un mystérieux syndicat du crime mais ils se retrouvent dépassés par les événements lorsqu'une armée de mutants se déploie contre eux.

Une légende datant de plusieurs siècles démontre que les méchants sont toujours punis. Les adversaires sont parfois personnifiés par des gigantesques monstres de l'age préhistorique qui font des ravages considérables lors de leurs combats, et provoquent des destructions semblables à celles d'un tremblement de terre. C'est l'histoire d'un riche et courageux orphelin recherchant le traître qui fomente une rébellion pour assassiner son père, et d'une jeune fille abandonnée à la recherche de sa famille. De nombreux obstacles, dressés par des bandes de truands à la solde des traites, surgissent en travers de leur route provoquant de terribles batailles...

Dans le Japon féodal de l'ère Tokugawa, les démons sont la crème de l'espionnage. Formés durant des années par un professeur tyrannique, le visage dissimulé en permanence par des masques aux faciès monstrueux, ils sont une demi-douzaine de jeunes prêts à servir le Shogun au péril de leur vie. Après avoir subit un entraînement pratiquement inhumain leur ayant appris l'art de tuer, de se cacher mais aussi de séduire, ils se voient confier la mission de découvrir un arsenal et de le détruire. Mais c'est sans compter sur le Seigneur Shogen, le chasseur de démons qui se promet de tous les réduire à néant...

Kanzo Hattori, dit Nin, l'un des derniers descendants du clan des Iga, est envoyé à Tokyo par son père, le grand maître Hattori, afin d'accomplir son destin de ninja. Mais à Tokyo, il croise la route du jeune Kenichi, qui lui sauve la vie. Nin prête alors allégeance à Kenichi et entreprend un combat sans merci contre le clan rival des Koga, pour protéger son jeune maître...

Récemment arrivé dans le quartier, Tony sort avec la sœur de Chan, et ami avec Young, le caïd du coin. Il découvre vite que Chan est le rival de Young pour le contrôle des gangs du quartier. Lorsque Young se jette dans les ennuis en volant un trafiquant de drogue, Tony vient à sa rescousse.