يبحث عامل منجم شاب وفتاة غامضة عن جزيرة مفقودة منذ زمن طويل، يُشاع أنها تحتوي على ثروات كثيرة.
تركز السلسلة على مغامرات أراتا كاسوجا ، طالبة في المدرسة الثانوية ، استهدفتها ليليث ، وهي معلمة في مدرسة صوفية. أعطى ثلاثة خيارات في محاولة للمساعدة في إنقاذ ظاهرة انهيار العالم من قبل قوى الشر وأثناء محاولته حل لغز ابن عمه الحبيب وصديق الطفولة ، هجري ، الذي اختفى إلى فضاء مختلف.
ميزوكي هو جندي سابق وموظف في بنك للدم، يذهب ميزوكي إلى قرية وسط الجبال تُدعى ناغورا حيث تتواجد عائلة ريوجا التي تحكم تلك القرية لتقديم تعازيه بعد وفاة زعيم العائلة ولكن هدفه الحقيقي هو محاولة التقرّب من هذه العائلة التي يحوم حولها الكثير من الغموض بحثًا عن المعلومات حول شيء معين الشيء الذي سيغير مستقبل اليابان بالكامل.
تدور حول فتى راي المخترع في القرن التاسع عشرة قبل اطلاق معرض لندن الكبير تصل لهم بريد من جده وياتي مندوبان الشركة لاسترجاعه وتتوالي الاحداث ويختطف الى ابيه حين باسم كره البخار ماهو هدفهم وغايتهم تابعوا لتعرفوا …
بعد قبول دعوة من مدرّب غامض، يلتقي "آش" و"ميستي" و"بروك" بـ"ميوتو"، البوكيمون الاصطناعي الذي يخطّط لشنّ هجوم على صانعيه.
في قلب مدينة هائلة تتكاثر ذاتيًا ولا همّ لها سوى إبادة كل أشكال الحياة، يخرج المقاتل الوحيد "كيلي" ليقود ثلّة من البشر الساعين للنجاة.