Leonardo, Rafaelis, Mikelandželo, Donatelo! Jaunieji vėžliukai tapo nenugalima žalioji kovos mašina. Jų metas atėjo! Visame pasaulyje vaikų mylima drąsioji ketveriukė, pilna neišsenkančios energijos, vyksta į nuotykių kupiną kelionę, kovodami su nenaudėliais ir visokio plauko "perėjūnais".
Niujorko požemių gyventojai vėžliukai nindzės turi stebuklingos medžiagos, nuo kurios galima virsti mutantu. Kai piktasis Šrederis sužino apie tokią medžiagą, vėžliukams nindzėms ir vėl tenka stoti į mūšį ir išgelbėti pasaulį.
XIX amžius, dešimt metų nuo pirmosios dalies įvykių. Zoro - arba tiesiog Alechandro - gyvena ramų gyvenimą su žmona Elena ir augina judviejų sūnų. Tačiau atsiranda misija, verta prikelti iš pelenų Zoro: slapta organizacija nenori, kad Kalifornijos valstija taptų Amerikos dalimi. Zoro imasi veiklos, tačiau dėmesio stoka nervina Eleną. Netrukus herojus bus išmestas iš namų, o dėl prarastos mylimosios meilės teks pakovoti su vaikystės laikų draugu.
Vežliukai nindzės keliauja gelbėti savo draugės Eipril ir atsiduria... senovės Japonijoje. Čia jie patenka į sukilėlių rankas. Mat XVII amžiuje Japonijoje vyksta sukilimas prieš imperatorių.