يقرر ليستر بورنهام ، وهو أب مكتئب في إحدى الضواحي يعاني من أزمة منتصف العمر ، تغيير مسار حياته المحمومة بعد أن نشأ افتتانًا بصديق ابنته الجذاب.
(دوني داركو) هو فتى مراهق في السادسة عشرة من عمره، ذكي للغاية لكنه يعاني من عدة اضطرابات نفسية من بينها السير في أثناء النوم، يظهر له أرنب شيطاني عملاق يدعى (فرانك)، يطلب صداقته، ويخبره أن العالم على وشك النهاية، وعليه أن ببتبعه لينجو بنفسه، وبالفعل ينقذه من موت محقق في إحدى المرات، يقوم (داركو) بالعديد من الأعمال بناءً على أوامر (فرانك)، يتعرف على الفتاة الجميلة (جريتشن) ويقعان في الحب، فهل ستنجح في تغيير حياته.
يعاني سكان مدينة سبرينجفيلد من التلوث البيئي في بحيرة المدينة، ويصدر عمدة المدينة أمر بمنع رمي النفايات فيها، لكن (هومر سمبسون) يلقى بفضلات خنزيره في البحيرة، ويحصل تفاعل كيماوي خطير وتصبح مستنقع، وتقنع مؤسسة حماية البيئة الرئيس بمعاقبة أهل المدينة عن طريق حجز المدينة تحت قبة زجاجية ضخمة.