载着贝鲁利等人的米加法乌纳追赶吉特团从维纳斯·格罗布出发。但是,地球圈的战况已经完全改变了。在大气层外对峙的Capital Armiy和Ameria军队、Dolet舰队在禁忌存在的Casheba Mikoshi附近反复发生更激烈的冲突。在那漩涡中,贝鲁利想要消除战争产生的悲剧和憎恨,知道人类危机的姐姐艾达将目光转向了新的时代。但是,随着资本阿米与吉特团共同战斗,由米加法乌纳带来的新战斗力增强的阿米利亚军队与德雷特舰队联手,使宇宙战舰沉没的惊人的莫比尔套装群将陆续投入战场。激化,吞噬无数人命的宙域。然后,各势力被地球的重力所吸引,最终决战进入大气层内。站在大地上的G-Self,现在正引导着贝鲁利走向漫长旅途的终点……
登场角色《机动战士高达 Thunderbolt》的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”,宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路,为了夺回宙域,地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球联邦军的伊奥?弗莱明少尉等人乘坐GM204F,潜入Thunderbolt宙域,向狙击手发起了挑战…
“光子电池”是拯救资源枯竭的地球的能源。为了前往地球上无法制造的能源装置的供给源地,贝尔利·杰纳姆、艾达·休冈等人乘坐梅格法纳离开地球圈,终于到达了目的地金星地球圈。经过与正在策划地球回归行动的基特团的战斗后,艾达得到了与垄断“光子电池”生产和供给的“赫尔墨斯财团”的拉·古总裁的会谈机会……