Ne baš bistri momak Joe zamrznut je i probudi se 2505. te otkrije kako je sada najpametniji čovjek na Zemlji. Nije mu se povećao IQ, nego je ostatak svijeta oglupio. Sada Joe mora vratiti evoluciju ljudske vrste na pravi put.
Kada Fionin otac, Kralj daleke zemlje premine, Shrek postaje automatski nasljednik trona. Međutim, sam Shrek, poštenjačina kakva već jest, uz pomoć svojih prijatelja odluči potražiti sljedećega legitimnog nasljednika, Artieja, koji se skriva u nekome udaljenom kraljevstvu. Naime, Shrek se želi vratiti u svoj močvarni dom, kako bi on i trudna Fiona nastavili živjeti mirnim životima. Za to vrijeme, zavidni i ambiciozni Princ udruži se s ostalim zlikovcima kako bi uspio izvesti puč i postati novi kralj.