On olemas kaks reaalsust: see, milles me päevast päeva elame, ja teine, mis asub selle taga. Neo otsib tõde Matrixi kohta, millest ta on kuulnud vaid arglikke sosinaid ja kuulujutte. See on midagi salapärast ja ohtlikku ning Neo on kindel, et see kontrollib kõigi inimeste elusid. Ta usub, et Morpheus, keda peetakse kõige ohtlikumaks meheks maailmas, on just see, kes suudaks anda vastuse küsimusele: mis on Matrix?

Kolm aastat kestnud Kloonide sõda on jõudnud lõpusirgele. Veel on püüdmata vaid mõned üksikud separatistid, kuid siiski kujutavad nad Vabariigile tõsist ohtu. Senaator Padme Amidalal (Natalie Portman) on tõsiseid raskusi hoidmaks üksmeelsena niigi rahutut senatit, mille kõige suuremaks probleemiks on end valitsejaks nimetav kantsler Palpatine (Ian McDiarmid). Palpatine võidab enda poolele ka teiste jedi'dega tülis oleva Anakini (Hayden Christensen), kellega koos nad Vabariigist Galaktikalist Impeeriumit hakkavad looma.

Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.

Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.