Kada industrijski špijuni uspiju ukrasti rezultate tajnog istraživanja o mogućnosti smanjivanja ljudi i predmeta na veličinu atoma, hrabri pilot koji je pristao biti pokusni kunić, poručnik Tuck Pendleton (Dennis Quiad), ni ne sluti kako će uskoro završiti tamo gdje nije mogao ni sanjati. Naime, uslijed gužve oko bijega, jedan od kriminalaca ubrizga kapsulu s prvom letjelicom veličine molekule, u kojoj se nalazi i Tuck, u tijelo prodavača Jacka Puttera (Martin Short), koji je uz to i hipohondar. S dozom kisika koja će mu biti dostatna samo za 24 sata, Tuck mora uvjeriti Jacka da se odvaži vratiti ukradenu tehnologiju, zatim uvjeriti pilotovu djevojku Lydiju (Meg Ryan) da ju voli te ih tako sve spasiti od neugodne smrti.
'Nevjerojatno je što sve možeš činiti kada se više ne vidiš u ogledalu', kaže Sebastian Caine (Kevin Bacon), arogantan, ali nadaren i karizmatičan znanstvenik koji predvodi najtajniji američki istraživački projekt. Caine otkrije serum koji uzrokuje nevidljivost i testira ga na životinjama te nakon uspješno izvedenog pokusa, odluči oglušiti se na naredbe koje stižu direktno iz Pentagona i provjeriti učinkovitost formule na sebi. Nažalost, pokus krene u sasvim pogrešnom smjeru i završi neočekivanim rezultatom. Proces je nepovratan i sada Caine, "nevidljivi čovjek", i njegovi poručnici Linda McCay (Elisabeth Shue) i Matthew Kensington (Josh Brolin) fanatično pokušavaju okrenuti efekt. Međutim, nevidljivi Caine postane zaluđen svojom novom moći stoga svoje kolege doživljava kao opasnost koja prijeti njegovoj egzistenciji.
Zadnji put kada smo ih vidjeli, mali Cortezovi su se upravo priključili obiteljskom poslu, špijuniranju, kako bi vratili otete roditelje. Pomoću raznoraznih elektroničkih smicalica u stilu Jamesa Bonda, malo sreće i lukavosti, djeca su pokazala kako mogu biti jednako dobri agenti kao i odrasli. Sada su Carmen i Jun punopravni članovi kontraobavještajne zajednice, pa dobivaju svoj prvi samostalni zadatak, koji će se pretvoriti u bjesomučnu utrku s ludim znanstvenikom s tajanstvenog vulkanskog otoka i njegovim čudnovatim stvorenjima.