Lo studente universitario Tsuneo una mattina incontra una vecchia che spinge una enorme carrozzina: dentro c’è Kimiko, una ragazza colpita da paralisi cerebrale incapace di muovere le gambe. Tsuneo finisce per seguirle nella squallida abitazione che condividono, e nonostante il guscio in cui Kimiko sembra essersi rinchiusa, comincerà a farsi vivo sempre più spesso.

Sei mesi dopo gli eventi di Magical Girl Lyrical Nanoha: The Movie 1st, Fate è tornata a Uminari City con Lindy come sua tutrice legale e sta vivendo la vita di una normale studentessa elementare insieme a Nanoha e ai suoi amici. La riunione tra i due ritrovati amici è interrotta, tuttavia, quando vengono assaliti da quattro antichi utenti magici che si identificano come i Wolkenritter. Mentre i motivi dietro le azioni dei Wolkenritter diventano chiari, Nanoha e Fate si trovano in una corsa contro il tempo per fermare la riattivazione di un artefatto altamente pericoloso noto come il Libro delle Tenebre.

Due giovani come tanti cercano con la magia di salvare la vita a una loro amica e alla sua controparte di un altro mondo. A complicare il tutto arriva, però, l'amore.

Tratto da una storia vera. Carlotta era vittima di bullismo quando andava a scuola perché non riconosceva i volti, compreso il proprio, ma nessuno sapeva che era colpa di una malattia, la prosopagnosia.

Nel mondo di Lorenzo, niente è come appare realmente. Tutto si trasforma, gli umani spaventosi vengono sostituiti da animali, le stanze diventano boschi e il coraggio si traduce nel ritornello di "Heroes", brano rappresentativo del modo in cui il protagonista vede il fratello maggiore, inizialmente suo unico "ponte" con l'esterno. Tutto quello che piace a Lorenzo ha colori caldi, rassicuranti, luminosi; in opposizione, i momenti di disagio e paura sono bui e freddi. Quello in cui vive il piccolo è il mondo creato dalla bolla del suo autismo, che gli impedisce di comunicare, isolandolo. Un giorno, però, questa bolla verrà squarciata da qualcosa di nuovo, un piccolo specchio. Così, quando Lorenzo trova il coraggio di guardarci dentro, vede se stesso e il mondo che lo circonda senza paura, imparando gradualmente a comunicare e parlare attraverso il suo riflesso, grazie all'aiuto dell'amica Sofia e del fratello "supereroe" Michele