Krooninen somestalkkaaja kotiutetaan psykiatriselta osastolta. Hän muuttaa Los Angelesiin tutustuakseen Instagram-tähteen, mutta suunnitelma saa synkän suunnan.
1960-luvun alku, Vatikaanin toisen kirkolliskokouksen aika. Tennesseen maaseudulla ei-uskonnollisessa kodissa kasvanut nuori nainen Cathleen haluaa ryhtyä nunnaksi. Elämä luostarissa ei ole kuitenkaan sitä mitä hän oli kuvitellut, ja hän päätyy pian kamppailemaan uskonkysymysten kanssa.
Yliopiston tutkija-professori Lawrence Hayes tutkii ryhmineen Länsi-rannikolla tapahtuvia erikoisia purkauksia ja pian hänen pahin pelkonsa on käymässä toteen. Toisaalla arvostettu pelastushelikopterilentäjä Ray Gaines yrittää pelastaa metsään menevän avioliittonsa, kun vaimo Emma on löytänyt uuden liittolaisen rakennusalan johtajasta Daniel Riddicistä. Samaan aikaan myös Rayn tytär Blake on saapunut San Franciscoon. Kun San Andreasin siirros murtuu aiheuttaen 9 magnitudin maanjäristyksen Kaliforniassa, lähtee Ray yhdessä tulevan ex-vaimonsa kanssa Los Angelesista San Franciscoon pelastamaan ainoaa tytärtään. Heidän vaarallinen matkansa kohti pohjoista on kuitenkin vasta alkua. Juuri kun he uskovat pahimman olevan ohi, onkin kaikki vasta alkamassa. Los Angeles ja San Francisco näyttävät jäävän hiljalleen historian kirjoihin.
Lähitulevaisuudessa tekoäly hallitsee kaikkien elämää, ja ihmisen tunteet koetaan uhkana.
Tässä Beethovenin jatko-osassa Beethovenista tulee ylpeä isä, kun Beethoven ja tämän unelmien narttu Missy lyövät hynttyyt yhteen. Valitettavasti vain Missyn omistaja Regina aikoo itsekkäästi käyttää pentuja aseena eroa kaavaillessaan. Newtonin perheen lapset eivät jää tumput suorina seisomaan pentujen ollessa uhattuina vaan päättävät pelastaa ne! Mutta onnistuvatko neuvokkaat tenavat? Entä miten käy pentujen äidille, Missylle? Beethoven on valmis laittamaan kaiken pelin yhdistääkseen perheensä jälleen saman katon alle....