Miki i Minnie wraz z Horacym i Klarabellą wyruszają w podróż. W pewnym momencie główni bohaterowie zostają rozdzieleni. Miki musi odnaleźć ukochaną.
Chłopiec dorasta w dziczy bez żadnego kontaktu ze światem zewnętrznym. Pewnego dnia odnajduje go samotny myśliwy, który postanawia zabrać chłopca do domu i nauczyć go życia w cywilizacji. Młodzieniec stara się dostosować do nowego środowiska, wykorzystuje jednak te same mechanizmy i metody, które pozwoliły mu przetrwać w dziczy.
Święty Mikołaj ma wypadek i rozbija się z saniami na Madagaskarze, czego rezultatem jest amnezja, dlatego Alex, Marty, Melman i Gloria z pomocą pingwinów muszą rozwieść wszystkim prezenty i uratować Boże Narodzenie przed totalną katastrofą. Przy okazji zamierzają wykorzystać sanie Świętego Mikołaja, by w końcu wrócić do domu, do nowojorskiego ZOO. Tymczasem pingwiny rozpoczynają wojnę z reniferami o to, który biegun jest ważniejszy.
Przygoda B.O.B.-a, Doktora Karalucha i Brakującego Ogniwa. Doktor obchodzi urodziny. Okazuje się, że tort urodzinowy to bomba. B.O.B. połyka ładunek i zyskuje moc czytania w umysłach innych istot.