Halvaantunut merijalkaväen sotilas Jake Sully lähetetään Pandoralle suorittamaan haastavaa tehtävää. Koska Pandoran ilmakehä on ihmiselle myrkyllistä, kloonataan Jake avatar-kehoon, joka on sekoitus ihmis-DNA:ta ja planeetan paikallisen navi-heimon DNA:ta. Jake saa kloonauksen myötä myös liikuntakykynsä takaisin. Pandoralla Jake löytää harvinaislaatuisen kauniin, mutta myös vaarallisen maailman. Hän tutustuu viehättävään navi-neitoon, ja suhde tähän muuttaa kaiken. Pikkuhiljaa Jake lunastaa paikkansa navi-yhteisössä ja huomaa kotiutuneensa heidän maailmaansa. Tehtävän päättyessä Jake joutuu vaikeiden valintojen eteen. Hänen täytyy johtaa taistelua ihmiskunnan pelastamiseksi - mutta omiaan vastaan.