Shinichi Kudo è un brillante detective, pur essendo ancora un liceale, e spesso aiuta la polizia a risolvere casi complicati. Durante un appuntamento al parco di divertimenti Tropical Land con la sua amica d'infanzia Ran, si imbatte in due loschi uomini vestiti di nero e la sua vita cambierà per sempre.

Tre storie d'amore infelice si incontrano attraverso le quattro stagioni. Due vagabondi legati da una corda rossa, erano stati una coppia felice; un anziano capo yakuza torna nei giardini dove trent'anni prima era solito pranzare con la fidanzata; uno sfegatato fan di una cantante pop si acceca per incontrarla, sulla spiaggia dove lei, sfigurata, è ferma a fissare il mare.

Conan riceve un invito da Teiji Moriya, un importantissimo architetto universitario fanatico della simmetria, per un party che si terrà nella sua villa il 29 aprile. Il ragazzo, utilizzando la voce di Shinichi (al quale l'invito era diretto), convince Ran ad andarci al posto suo con Kogoro e il bambino. La ragazza, nel frattempo, sta preparando una sorpresa per il compleanno di Shinichi (4 maggio): un film e un regalo legati al colore rosso (una polo) che, secondo l'oroscopo letto da Ran, è il colore fortunato per entrambi. Conan, Ran e Kogoro si recano quindi alla festa e qui fanno la conoscenza di Moriya e ammirano entusiasti le sue opere architettoniche.

Shigeru è sordo e vive la sua vita apaticamente, diviso fra il lavoro part-time da netturbino e le silenziose passeggiate sul mare con la fidanzata. Un giorno però, trova una tavola da surf abbandonata: un incontro che gli cambierà la vita.

Un’anziana signora che vive a Nagasaki ospita i suoi quattro nipoti durante le vacanze estive. I ragazzini le chiedono di raccontare cosa accadde quando la bomba atomica cadde sulla città durante la seconda guerra mondiale, nell’agosto del 1945, uccidendo il loro nonno. L’arrivo di Clark, un cugino americano, riapre le antiche ferite.

Un giovane Kentaro Saeki (Haruma Miura) continua a fallire il suo test universitario e non sa più cosa fare. Sua sorella maggiore Keiko è una scrittrice freelance. Kentaro e Keiko iniziano a cercare informazioni sul nonno Kyuzo Miyabe (Junichi Okada) morto nelle forze speciali durante la seconda guerra mondiale. Il loro nonno Kyuzo Miyabe era terrorizzato dalla morte e ossessionato dalla vita. Perché si è unito alle forze speciali? Secondo i suoi compagni soldati della marina, Kyuzo Miyabe era un genio e anche un codardo. Kentaro e Keiko scoprono poi la scioccante verità che è stata nascosta per 60 anni.

Nonostante il titolo del film richiami il nome di King Kong, egli non compare realmente nella storia e non è protagonista; il personaggio principale è invece il Titano-Kong. Gli alieni sono nuovamente intenzionati a conquistare la Terra, utilizzando Titanosaurus e una nuova versione del Mechagodzilla. Titano-Kong è stato scoperto dal dottor Mafune, che collabora con gli alieni in quanto essi hanno riportato in vita come cyborg la figlia dello scienziato, Katsura, impiantandole nel cervello i comandi dei due mostri. Titanosauro e MechaGodzilla attaccano Yokosuka, che viene difesa da Godzilla. Ma i due avversari sono troppo forti per Godzilla, che viene sconfitto...

Masafumi Kobayashi, giornalista che si occupa di paranormale, scompare misteriosamente dopo l’incendio della sua casa, episodio che provoca la morte della moglie. L’uomo aveva appena realizzato un documentario che indagava su alcuni singolari fenomeni paranormali…

Il detective L ha appena risolto l'ennesimo caso con la collaborazione del fido Watari e dell'agente Naomi Misora, e si appresta ad andare in Giappone per indagare sul caso Kira. Con la morte di Light Yagami e la risoluzione del caso, a L restano solo 20 giorni da vivere. In questo periodo un virus molto pericoloso viene diffuso in un villaggio della Thailandia causando una strage. "F", un agente di Watari che si trovava in zona ad indagare riesce a portare via un bambino, miracolosamente immune dal virus e a farlo arrivare a L affinché possa metterlo al sicuro. L insieme al bambino immune cercherà di creare un vaccino e scoprire i colpevoli che mettono in pericolo l'intera umanità. Risolto il caso, L accompagna il bambino alla Wammy's House e gli dona un nuovo nome: Near. Dopo questo fa appena in tempo a tornare a casa, dove si addormenta pacificamente e muore esattamente come aveva scritto sul quaderno della morte.