פארודיה על סיפורי אגדות ועל סרטי "דיסני", המסתמכת על ספרו של וויליאם שטיג. שרק הוא יצור ירקרק גדול, נרגן, רגזן, מתבודד ועקשן, שחי בביצה נידחת. בדידותו המזהרת בביצה מופרת עם בואם המפתיע של גיבורי אגדות, שסולקו מממלכתם על ידי לורד זדוני. שרק נחוש לסלק אותם מביצתו ולהחזיר את השלווה. ולכן הוא חותם עסקה עם הלורד: שרק יצא להושיע את כלתו המיועדת של הלורד, נסיכה הכלואה במצבר, תמורת החזרת גיבורי האגדה לביתם.
היישר מהאגדות מגיעים הנער אלאדין והקוף שלו אבו, שנחלצים לעזרתה של הנסיכה יסמין שנלכדת בידי המכשף האכזר ג'אפר. כשהוא מקבל לידיו מנורה מאובקת חייו של אלאדין משתנים, כי ממנה פורץ לחופשי השד ג'יני שהיה כלוא בה אלפי שנים. השד המקסים והחצוף מעניק לנער שלוש משאלות ומכאן מתחיל מסע קסום ומשעשע.
סרט פורץ דרך המשלב בין אנימציה לצילום רגיל, מגולל את סיפורו של אדי וליאנט, בלש פרטי שמאס בעולם המצוירים עליו פעם הגן, לאחר שאחיו נרצח בידי דמות מצוירת. כאשר מפיק חשוב נרצח והחשד נופל על רוג'ר הארנב, אדי מתחיל לחקור את הפרשיה בעל כורחו ונכנס שנית לעולם המוזר של המצוירים ממנו ניסה להימנע כל השנים.
היישר אחרי ירח הדבש שלהם, שרק והנסיכה פיונה מגיעים לארוחת ערב אצל הוריה של פיונה. הבעיות מתחילות בכך שלהורים אין מושג שבתם היא מפלצת ירקרקה כעת, וממשיכות עם הבטחה שנתן אביה של פיונה לחתן את בתו עם נסיך אחר. כעת הוא שוכר חתול במגפים המתמחה בחיסול מפלצות ירקרקות בכדי להוציא את שרק מהתמונה.
בכפר קטן לחופיה של ניו זילנד מתגוררים מאורים הטוענים שהם צאצאיו של "פאיקיאה", הרוכב על הלווייתנים. בכל דור יורש בן זכר את התואר "הצ'יף". לבנו הבכור של הצ'יף נולדים תאומים, בן ובת, אך הבן והאם מתו מיד לאחר הלידה. האב בוחר להעניק לבתו את השם פאי, ובצערו הרב, משאיר אותה לגדול אצל הוריו. הסב מגדל את פאי באהבה רבה, אך מסרב לראות בה את יורשתו לתפקיד הצ'יף.
ג'וני דפ חוזר לתפקידו המפורסם בתור קפטן ג'ק ספארו. כשדרכיו של ג'ק ספארו מצטלבות עם אישה מעברו, הוא לא בטוח אם זו אהבה או האם היא נוכלת המנצלת אותו על מנת שיוביל אותה למעין הנעורים המפורסם. כשהיא כופה עליו לעלות לסיפונה של 'נקמתה של המלכה אן', הספינה של הפיראט הנורא בלקבירד, ג'ק מוצא את עצמו בהרפתקה לא צפויה שבה הוא לא יודע ממה לפחד יותר: מבלקבירד או מהאישה מעברו.
המלך הארולד חולה מאוד ולכן אינו מסוגל להמשיך לתפקד כמלך. שרק הוא המועמד הטבעי לתפקיד המלך הבא. רק שמשמעות הדבר היא שיאלץ לוותר על ביצתו האהובה ולהסתגל לחיים בארמון - מחשבה בלתי נסבלת עבור טרול. יחד עם חבריו החתול במגפיים וחמור, שרק מנסה להמליך את ארטי המרדן במקומו לכתר. במקביל, הנסיכה פיונה אוספת את חברותיה כדי להדוף את ההפיכה שהנסיך צ'ארמינג מתכנן.
לאחר שסינדל ומיייס מופרדים מהוריהם, יווקס האמיץ מסייע באיחודם מחדש.