Brendan Frye (Joseph Gordon-Levitt) miluje svoje dievča Emily (Emilie de Ravin), tá je však už tri mesiace nevedno kde. Keď sa mu konečne po telefóne ozve, má vydesený hlas a žiada ho o pomoc. Brendan ju nájde, ale už mŕtvu. S pomocou svojho jediného kamaráta Brain je odhodlaný zistiť kto ju zabil a prečo. Pátranie ho zavádza do temného a nebezpečného prostredia zločineckého gangu a umožní mu odkryť tvrdú pravdu o sebe samotnom, Emily a tých, ktorí sú zodpovední za jej smrť.

Zmýšľanie vysokoškolského profesora Radissona čelí výzve zo strany nového študenta Josha, ktorý na rozdiel od neho verí, že Boh existuje. Pre profesora filozofie Radissona je náboženstvo nepríjemnou témou, pretože jeho matka – kresťanka – zomrela, keď mal dvanásť rokov, hoci sa modlil k Bohu a prosil ho, aby ušetril jej život. Aj tento zážitok ho motivoval k rozsiahlemu štúdiu filozofie, ktoré ho vynieslo medzi najlepších mysliteľov. V rámci svojich kurzov sa však téme náboženstva nemôže vyhnúť, ani keby chcel. Dilemu a svoj hnev na Boha rieši tým, že svojich študentov žiada, aby citovali Nietzscheho výrok „Boh je mŕtvy", pričom za odmenu ich z tejto témy neskúša. Keď sa tomuto prístupu vzoprie jeden z nových študentov menom Josh, Radisson od neho požaduje dôkaz, že Boh nie je mŕtvy. Sľúbi mu, že jeho eseji nebude oponovať, no Joshova oduševnenosť a pevnosť jeho viery, ktorú demonštruje aj tvrdením, že neexistenciu Boha nemožno dokázať, predstavujú pre Radissona ťažkú skúšku...

Vracia sa Megamozgov bývalý tím zloduchov, Syndikát skazy. Náš novo korunovaný modrý hrdina teraz musí predstierať, že je zloduchom, pokiaľ sa mu nepodarí zhromaždiť svojich priateľov (Roxannu, Ol' Chum a Keiko), aby zabránili svojím bývalým zlým spoluhráčom vo vypustení Metro City na Mesiac.