O general Washizu e o general Miki perdem-se na floresta e encontram uma bruxa que prevê que Washizu será rei e que será sucedido pelos herdeiros de Miki. É então que Washizu mata o seu senhor, Kuniharu Tsuzuki, e Miki. A bruxa prevê agora que ele estará a salvo enquanto a floresta não se puser em movimento. Mas o filho de Miki ataca o castelo de Washizu, usando as árvores da floresta como camuflagem. O filho de Washizu nasce morto, a sua mulher enlouquece e ele é traído pelos seus homens.

Em 1870, o capitão Nathan Algren é enviado ao Japão pelo exército norte-americano a fim de dar treinamento militar moderno aos soldados do imperador Meiji, que está a braços com uma revolta liderada pelos derradeiros guerreiros samurai japoneses. Todavia, após ser capturado em combate e conhecer o comandante inimigo, Katsumoto, o oficial ocidental apercebe-se do rígido código de honra que rege aqueles guerreiros e das reais motivações que os levam a combater.

No Japão do século XIX, Zatoichi é um andarilho cego que sobrevive como massagista, que procura levar sua vida pacata, mas que não hesita em mostrar toda sua habilidade como excelente espadachim quando necessário. Em suas andanças, Zatoichi vai parar em uma vila dominada pelo bando de um homem conhecido por Ginzo, que explora os comerciantes locais cobrando abusivos impostos de "proteção". Zatoichi acaba se envolvendo ao encontrar duas gueixas que procuram vingança pela morte de todos os seus familiares.

Ikoma e a Fortaleza de Ferro levam o combate para os campos de batalha de Unato, unindo esforços para reclamar a região aos Kabanes.