Računalniški heker Neo odkrije pretresljivo resnico: življenje, kakršnega pozna, je digitalna simulacija, ki jo vodi zlobna kiber-inteligenca. Pridruži se odporniškemu gibanju, ki se trudi uničiti iluzijo sveta, v katerem so ljudje sužnji.
Uma Thurman je morilka, ki jo na njen poročni dan napadejo člani bande njenega šefa Billa (David Carradine). Uspeva preživeti napad, čeprav ostaja v komi. Pet let pozneje se zbudi s koščkom kovine na glavi in veliko željo po maščevanju v srcu.
Borci za svobodo Neo, Trinity in Morpheus se še naprej upirajo vojski digitalnih strojev z umetno inteligenco. Da bi preprečili iztrebljenje človeštva, morajo še bolje spoznati Matrico in ključno Neovo vlogo v igri za usodo sveta.
V zaključku trilogije "Matrica" se Neo (Keanu Reeves), Morpheus (Laurence Fishburne) in Trinity (Carrie-Anne Moss) borijo, da bi zadnje človeško mesto Sion ubranili pred ubijalskimi stroji, ki so si podjarmili in zasužnjili človeštvo.