A második világháború derekán a németek új, különleges fogolytábort építenek, miután megelégelték a szökött szövetséges katonák utáni hajszát. A legszigorúbb biztonsági intézkedések mellett itt tartják fogva azokat a foglyokat, akik már többször sikeresen megléptek. A szövetséges katonákat azonban kemény fából faragták. Amikor Bartlett repülőtiszt is idekerül, elhatározza, hogy több ember fog innen megszökni, mint eddig bárhonnan. A céljuk nem csak az, hogy kiszabaduljanak, hanem, hogy lekössék a közelben állomásozó német csapatokat is. Elképesztő akció veszi kezdetét.
A második rész a NERV sarkvidéki bázisán, a Bethany Base-en kezdődik. Rögtön az anime elején megismerhetjük az új szereplőt, Makinami Mari Illustrious-t, az új EVA UNIT-05 pilótáját, aki a bázis alatt harcol a Harmadik Angyal ellen. Eközben Japánban Ikari Shinji édesanyja sírját látogatja meg apjával. Útközben hazafelé Misatóval értesülnek a Hetedik Angyal támadásáról, miközben a UNIT-02 légi úton megérkezik Németországból, és rögvest felveszi a harcot az Angyallal. Pilótája a Second Children, Shikinami Asuka Langley százados. Vele egyidőben Ryoji Kaji is megérkezik
Rémálom vagy valóság? Taylor űrhajósnak ezzel a szörnyű kérdéssel kell megbirkóznia, amikor egy időviharba kerülve lezuhan, és foglyul ejti egy gorilla-osztag. Ezen a bolygón felfordult a világ, a majom az uralkodó faj, az emberek pedig, mint az állatok, ketrecekben élnek. Amikor a Csillagszeműre keresztelt Taylorról kiderül, hogy beszéli a nyelvüket, két tudós csimpánz nyíltan szembeszegül a bigott vezetéssel és segít az űrhajósnak a menekülésben.
1936-ot írunk. A német hadsereg két tagja, korábban híres hegymászók, elhatározzák, hogy meghódítják a svájci Alpok legveszélyesebb csúcsát az Eiger-t. A kezdetleges mászó felszerelés azonban a két tapasztalt mászónak is kevés a sikerhez… A politika itt is közbeszól. Svájcban, a Berner Oberlandon van az Eiger Nordwand nevű szinte függőleges, 1800 méteres fal, amit soha eddig senki meg nem mászott. (1936-ban a nyugati alpok utolsó meg nem mászott hegye volt.)
Egy csapat szövetséges katona két éve próbál megszökni egy olasz fogolytáborból. Az újonnan érkezett hadifogoly, az amerikai Ryan ezredes átveszi az irányítás a főként angolokból álló csoport felett. Bár sikeresen megszöknek a táborból, Ryan nagyvonalúságának köszönhetően németek fogságába esnek. A szökevényeket tehervonaton Svájcba szállítják. Hamarosan ellentét alakul ki az angolok és az amerikai ezredes között, aki leleményességével megpróbálja jóvátenni a súlyos hibát. Ráveszi társait, hogy a vonat tetején elbújva játszák ki az ellenséget.
Egy hatalmas földrengés túlélői küzdenek az új életükért Szöulban.
Egy, a katonaság által kifejlesztett vírus egy repülőgép szerencsétlenség következtében kiszabadul, elpusztítva az emberiség nagy részét. Csak pár tudós élte túl a katasztrófát az Antarktiszon,aki kétségbeesetten küzdenek, hogy megtalálják a gyógymódot és megállítsák a világ további pusztulását.
Az emberiséget katasztrófa fenyegeti, amikor egy titokzatos erő eltéríti a Holdat a pályájáról, és közvetlenül a Föld felé löki. A becsapódás elkerülhetetlennek tűnik, a bolygó végveszélyben van. A káosz, és totális pánik közepette Jo Fowler egy meghökkentő teóriával áll elő, ami a megmenekülést jelentheti mindenki számára. Ám arra senki nincs felkészülve, ami a Holdon vár rájuk...
A karizmatikus világvezetőnek Nicole Carpathianak (Gordon Currie) sikerült az elképzelhetetlen véget vetett az idők kezdete óta dúló vérengzésnek és békében egyesitette a világot. Híve az amerikai elnök Gerald Fitzhugh Louis Gossett Jr. mindent megtesz hogy az USA ne álljon a béke utjában, de mikor merényletet kíserelnek meg ellene egy gonosz összeesküves tárul elé és rá kell döbbennie a fájdalmas igazságra; küszöbön a III. világháború.