세스 브런들(제프 골드블럼)은 물체를 옮겨주는, 첨단 과학 기술의 전송기를 발명해낸다. 몇 번의 시험에 성공한 후, 그는 자신을 대상으로 테스트를 시도하는데 그 과정에 파리가 들어와 그와 합쳐지게 되는데...

네바다주 사막 한 가운데 있는 작은 마을에는 20명도 안되는 주민들이 서로 도우며 살고 있다. 심부름 센터에서 일하는 발렌타인(Valentine McKee: 케빈 베이컨 분)과 얼은 농장의 선반을 만들어 주고 다음 일터로 가려고 황량한 사막길을 가던 중 론다(Rhonda LeBeck: 핀 카터 분)를 만난다. 그녀는 지진학을 전공하는 대학원생으로 한 학기 동안 이 마을에서 지진학을 연구하고 있다. 그녀의 지진계에서는 수 일 전부터 이상한 진동이 기록되고 있다. 마을에서 다른 일을 하다 자신들의 처지헤 와가 난 발렌타인과 얼(Earl Bassett: 프레드 워드 분)은 직업을 바꾸기 위해 이사를 하기로 한다. 새로운 일터로 향하던 그들은 고압 철탑에 매달려 죽은 에드거(Edgar: 선샤인 파커 분)를 발견한다. 이어서 소가 없어지고 전화선이 끊기는 등 이상한 일이 계속되고 마을은 고립된다. 발렌타인과 얼, 론다는 지금가지 일어난 일들의 원인이 사물의 진동을 느기고 공격하는 거대한 뱀의 돌연변이 트레모어스임을 알아낸다. 마을 사람들이 모두 괴물퇴치작전에 앞장서는 가운데 이들은 끝까지 침착함을 잃지 않고 괴물을 퇴치한다.

1950년대가 저물어 갈 무렵, 어느 윤명적인 밤, 뉴멕시코주에서 젊은 교환원 페이(시에라 매코믹)와 카리스마 넘치는 라디오 DJ 에버렛(제이크 호로비츠)은 그들의 작은 마을과 미래를 영영 뒤바꿔버릴 기이한 가청 주파수를 발견한다.

2054년 파리는 모든 행동이 감시되며 녹화되는 미로 같은 도시가 되어버렸다. 파리는 이제 거대 기업 아바론의 암영 아래 있게된 것이다. 한편, 미와 지성을 모두 갖춘 젊은 과학자 일로나가 납치당하는 사건이 일어나고, 아바론은 유능하지만 문제 많기로 유명한 경찰 카라스에게 가능한 빨리 그녀를 구출하도록 의뢰한다. 그러나 일로나를 찾는 것은 카라스만이 아니었다. 일로나는 자신도 모르는 사이에 인류와 연관된 은밀한 실험 계획의 열쇠가 될 중요한 단서를 가지고 있었던 것. 카라스가 찾은 모든 증인들이 죽음을 맞이하는 가운데, 그는 과연 그녀를 구출해낼 수 있을 것인가.

싱글맘인 로미나는 과중한 업무에 시달리는 간호사다. 핼러윈 날 밤 야간 근무를 마치고 돌아온 집에는 절망에 빠진 미치광이 크리스가 인질인 앨런을 붙잡고 숨어 있다. 예상치 못했던 난폭한 침입자들이 동네로 몰려와 로미나의 집을 포위한다. 집에 갇힌 세 사람은 이 상황에서 벗어날 수 있는 유일한 방법은 다른 사람들처럼 난폭해지는 것이라는 것을 깨닫는다.

폐허를 방황하던 맥스는 자신의 짐을 훔쳐간 헬기 조종사를 쫓던중 뜻밖에 문명이 존재하는 바타타운이라는 도시에 들어가게 된다. 도시에서 소동을 일으키다 잡힌 맥스에게 도시의 지배자인 여왕 엔티 엔티티는 자신의 조건을 들어주면 짐을 찾아주겠다고 제안한다. 그 조건은 바로 도시의 지하에 있는 블라스터라는 거인을 해치우라는 것. 이 도시의 에너지원은 지하의 메탄 가스에서 만들어지고 있는데, 이곳의 발전기를 다루는 마스터가 호위 격인 블라스터를 믿고 여왕에게 모욕을 주었기 때문이다. 맥스는 블라스터와의 싸움을 준비하고, 고전 끝에 그를 제압하는 데에 성공한다. 하지만 차마 그를 죽이지 못하고, 여왕은 맥스를 사막으로 추방해 버리는데...

페레즈 장군이 지휘하는 연방군 의학탐사선 아우리가호는 에일리언과의 격전지였던 행성 피오리 16호에서 찾아낸 리플리의 혈액으로부터 DNA 샘플을 채취, 미수정란을 이용한 유전공학으로 리플리를 부활시키고, 이와 함께 복제된 퀸 에일리언의 태아를 리플리의 몸에서 분리해내는 데도 성공을 거둔다. 이들의 목적은 에일리언을 길들여 군견과 같은 용도로 사용하려는 것. 한편 리플리 또한 에일리언과의 유전자 결합으로 본능이 극대화된 뜻하지 않은 결과로 과학자들을 고무시키고, 페레즈 장군은 단지 에일리언을 재생하기 위한 부산물에 불과한 리플리를 두고 갈등한다.

바다 한 가운데에 초호화 유람선인 ‘아르고노티카’가 축제의 불을 밝힌 채 떠 있고 군사용 어뢰를 적재한 탐사정 한 대가 유람선이 떠 있는 곳으로 쾌속 질주하고 있다. 아르고노티카의 축제 분위기가 극에 달할 무렵, 마치 앞으로 다가올 공포를 미리 암시라도 하듯 유람선의 전원이 차단되는 사고가 발생하고 대낮 같던 선실은 암흑 속에 파묻혀버린다. 어이서 기괴하고 기분 나쁜 소리가 심연의 바닥으로부터 솟아오르고 유람선 안은 일순간에 지옥 같은 폐쇄 공간으로 돌변한다. 그리곤 승객들이 하나둘 흔적도 없이 사라지기 시작한다. 한편, 전속력으로 질주하던 탐사정은 유람선으로부터 분리되어 표류중이던 구조용 보트와 충돌하여 선체에 심한 파손을 입는다. 유람선까지 극적으로 도착한 탐사정 대장 피니간(Finnegan: 트리트 윌리암스 분)은 유령선으로 탈바꿈된 유람선의 선체를 발견하곤 경악을 금치 못한다. 게다가 피니간은 자신의 탐사정으로 이곳까지 데리고 온 일당들의 정체와 그들의 음모를 밝혀낸다. 탐사대로 신분을 위장하고 피니간의 탐사정을 빌려 탄 괴한들은 유람선의 내부에 미리 배치시켜 둔 스파이와 짜고 유람선의 금고에 보관된 어마어마한 보물을 털기로 했던 국제적인 해적단이다. 피니간에게 총구를 겨누고 유람선에 오른 악당들은 유람선의 내부가 너무나 고요하고 음산하다는 사실에 긴장을 풀지 못한다. 생존자를 찾아 헤매던 피니간은 유람선의 선실에서 국제 보석강도인 프릴리안(Trillian: 팜키 젠슨 분)과 마주친다. 피니간은 그녀로부터 유람선 안에 심상치않는 괴물체가 존재한다는 경고를 듣는다

미국 애리조나에 거대한 운석이 떨어진다. 국방성 소속 과학자였지만 불미한 사건으로 지금은 지방 학교의 생물학 교수로 살고 있는 아이라 케인(데이비드 두코브니)은 동료 지질학 교수 해리 블록(올랜도 존스)와 함께 이 운석을 조사하던 중 운석 속에 생물체가 급격한 속도로 진화하고 있음을 발견한다. 이 발견을 통해 재기를 노리던 아이라는 전에 함께 일했던 우드먼 장군과 새로운 정부 소속 과학자 앨리슨 리드(줄리앤 무어)와 부딪치고, 급기야 운석 조사팀에서 제외된다. 이 외계 생물체는 기하 급수적으로 늘어가고 지구의 환경에도 서서히 적응해가면서 서서히 사람들에게 공격을 가하기 시작한다.

어느날 호주 푸에르토리코의 아레시보에 위치한 거대한 전파기지에 외계로부터 발신된 메시지가 도착한다. 메시지는 두가지인데, 첫번째는 오염물질을 배출하지 않으면서 메탄을 대체 에너지로 변화시킬 수 있는 획기적인 방법에 대한 정보였고, 두 번째는 외계 생물의 DNA를 합성할 수 있는 공식이었다. 메시지가 우호적이라 판단된 미국 정부는 DNA합성에 관한 메시지를 가지고 비밀리에 실험에 착수한다. 그 결과 반인간 반외계인인 아기가 탄생하고, 실(Sil)이란 코드네임을 부여받는다. 그러나 뭔가 씰 자신이 능력을 보이지 않고 있는 낌새에다가 비정상적으로 급속한 세포 증식의 속도 등 위험 요소가 다분하다고 느낀 실험진에서는 씰(Young "Sil": 미쉘 윌리암스 분)을 완전히 제거하려 한다. 그러나 예상과 달리 소녀는 가스에 의해 죽기는 커녕 힘이 엄청나게 세져서 방탄 벽을 뚫고 달아나게 된다. 그에 따라 씰을 추적하기 위해 연방의 특수추적 전문가 프레스 팰리(Preston Lennox: 마이클 매드슨 분)와 심령술사, 분자생물학자 등으로 이루어진 팀을 구성, 실을 제거하기 위한 추적에 나선다. 성숙한 여인("Sil": 나타샤 헨스트리지 분)이 된 씰은 어느날 그녀 앞에 나타난 임신한 여자를 보고 자신도 임신하기를 원한다. 특수요원들이 자신을 추적하고 있음을 감지하면서도 씰은 남자를 찾아 다니며 마음에 안드는 사람은 모두 잔인하게 살해한다. 마침내 추적팀의 한 대원과 관계를 맺은 씰은 지하로 숨어들어 부화를 하게 되고 추적팀은 그들을 막기 위해 하수구로 들어가게 된다. 씰은 결국 기름 구덩이에 빠져 죽게 되지만 씰의 몸에서 떨어져나간 신체 일부가 추적팀이 사리진 뒤 쥐와 합성되어 새로운 쥐가 나타나게 된다.

미국 정부는 최고의 과학자들을 구성해 '할로우 맨'(투명 인간) 실험에 대한 일급 비밀 프로젝트를 추진한다. 그리고 마침내 카인은 실험용 고릴라를 그 자리에서 사라지게 하는데 성공한다. 하지만 이 실험 결과에 도취된 카인은 미국 국방성의 명령을 어기고 바로 자신에게 투명 인간 실험을 강행한다. 살과 뼈가 차례로 약물에 의해 타들어가고, 카인은 동료들이 지켜보는 가운데 실험대 위에서 흔적없이 사라지고 만다. 뒤늦게 이 일이 엄청나게 위험스러운 도박임을 깨달은 카인의 상관이자 애인인 린다는 매튜와 함께 그 약의 효능을 없애려고 시도하지만 실패한다. 게다가 투명 인간이 된 카인은 깊숙한 곳에 숨어있던 그의 욕망과 과대망상이 분출되며, 이 새로운 힘에 급속도로 취하게 된다. 보이지 않는 존재로 전지전능하게 변해버린 투명 인간 카인. 그는 그의 독선에 지친 애인 린다가 동료 매튜와 관계를 갖는 현장을 목격하게 되는 등 보지 말아야할 장면까지도 모두 맞닥뜨리면서 위험스런 존재가 되어간다. 평소 흠모하던 옆집 여인을 강간하는 등 온갖 악행을 저지르고, 동료들이 점점 포악해진 케인에 대하여 상부에 보고서를 제출하려 하자, 그는 마침내 이 동료들을 몰살할 계획을 세우고, 이제 이들 사이에 죽음의 게임이 시작된다.

미국 정부에선 인공지진으로 적을 공격하는 비밀 병기 데스티니 (D-E-S-T-I-N-Y)를 개발 한다. 그로 인해 지구 핵, 코어(CORE)의 회전이 멈추면서 지구엔 갖가지 기상 이변이 발생, 재난이 속출한다. NASA측은 대학에서 지구 물리학을 가르치는 조슈아 키스박사에게 현 상황에 대한 진단을 부탁하고 박사는 이런 상태라면 1년 안에 지구가 전멸할 것이라고 말한다. 인류가 살 수 있는 방법은 화성 크기의 지구 핵을 다시 회전 시키는 방법 밖에 없다는 결론 끝에 미 정부와 NSA측은 6명의 전문가로 구성된 팀을 만들어 이들을 지구의 코어로 내려 보내는 프로젝트를 추진한다. 이 프로젝트의 핵심은, 코어에 들어가 핵 폭탄을 터뜨려서 지구 핵을 다시 회전 시킨 뒤, 그로 인해 발생될 거대한 충격파를 피해 지상으로 다시 귀환하는 것이었다. 그러나 몇 천도의 지열과 엄청난 압력 속을 뚫고 코어로 들어가는 여정엔 뜻 하지 않은 수 많은 변수가 이들을 기다라고 있었다. 그 와중에 대원들은 차례로 죽어가고, 짐스키는 지상 관제소에 프로젝트를 포기하겠으니 '데스티니' 프로그램을 가동하라는 최후통첩을 한다. '데스티니'로 인해 코어의 회전이 멈췄으니, '데스티니'로 다시 회전을 일으킬 수 있다는 이유. 지상에선 '데스티니'를 발사할 준비에 들어가지만, '버질'호의 남은 대원들은 이번 임무를 끝까지 이행 시키기로 결심한다.

스파이키드로 활약중인 카르멘과 주니, 이들의 아버지 그레고리오가 OSS 새국장이 될 기쁨에 온가족이 잔뜩 부풀어 있으나 엉뚱하게도 그들의 라이벌 개리와 개티 기글스의 아버지인 도나곤 기글스가 새국장이 되고 만다. 임명식이 있던날 수상쩍은 웨이터들의 샴페인 반격으로 가공할만한 위력을 지닌 무기인 트랜스무커를 빼앗기고 만다. 이에 격분한 미국 대통령은 갓 임명된 OSS의 새국장 도나곤에게 트랜스무커를 회수하라는 중책을 맡긴다. 외딴섬에 본거지를 두고 있는 악당들의 우두머리는 알고보니 도나곤! 그는 트랜스무커를 손에 넣어 전세계를 지배해보겠단 야심에 차있는 사람이다. 그런데 이 섬은 보이지 않게 위장하기 위해 시각 차단 장치인 트랜스무커를 작동시켜 놔서 그 부근만 가면 모든 게 증발돼 버리는 결과를 빚는다. 물론 그 위력 때문에 모든 전기장비는 나가버리고… 이에 카르멘과 주니가 접근하고 도나곤의 아이들인 게리와 게르티도 뒤따라온다. 그 섬을 만든 사람은 유전학자인 로메로, 그는 유전학을 잘못 활용해 그 섬에 희귀한 생물체들을 퍼뜨려놓는다. 그리고 카르멘과 주니를 돕는데, 이로써 두 스파이키드는 트랜스무커가 악당 손에 넘어가는 걸 막는데...

죽은 이를 되살려내는 ‘라자루스 이펙트’ 연구를 진행하던 연구원들. 죽은 동물을 되살리는 데 성공하며 자신들의 업적을 세상에 알릴 생각에 기뻐하는 것도 잠시, 학과장의 반대로 모든 실험이 중단될 위기에 처하고 만다. 비밀스럽게 실험을 계속 진행해나가던 이들은 뜻밖의 사고로 팀원 중 한 명인 조이를 잃고, 실험의 팀장인 프랭크는 조이를 되살리기 위해 인간을 대상으로 한 그들의 첫 번째 실험을 강행한다. 다행히 실험은 성공하여 조이는 되살아 나지만 팀원들은 곧 조이가 이상해졌다는 것을 눈치 채고, 자신들의 실험으로 인해 끔찍한 결과가 초래되었다는 것을 깨닫고 마는데… 죽었던 그녀가 되살아난 순간, 그녀 안의 악마가 깨어나기 시작한다!

인류학자 케일(Dr. Steven Cale: 에릭 스톨츠 분)은 다큐멘터리 영화 연출팀과 함께 신비의 부족으로 알려진 아마존의 쉬리샤마 족을 찾아 나선다. 케일의 연인이자 다큐필림 연출가인 테리(Terri Flores: 제니퍼 로페즈 분)와 촬영기사 대니(Danny Rich: 아이스 쿠브 분), 음향기사 게리(Gary Dixon: 오웬 윌슨 분) 그리고 리포터인 웨스트리지(Warren Westridge: 조나단 하이드 분)도 같은 배에 동승하고 있다. 안개(Mist) 부족으로 통하는 쉬리샤마족은 아나콘다라는 거대한 뱀을 위협적인 존재이자 신의 파수꾼으로 신봉하는 부족이다. 이들을 찾아 아마존으로 항해하던 케일 일행은 폭우가 쏟아지던날 밤 난파 된 보트에서 구조를 요청하는 샤론(Paul Sarone: 존 보이트 분)을 만나게 된다. 아마존 오지의 지리는 물론 쉬리샤마 부족에 대하여 잘 알고 있는 샤론은 자신을 살려준 대가로 이들의 가이드를 자청한다. 이때부터 이들에겐 의문의 사고가 발생하기 시작한다. 케일이 잠수 도중 장수말벌을 삼켜 질식사 할 뻔하다가 샤론의 응급조치로 구사일생으로 살아나고 선장이었던 마테오(Mateo: 빈센트 캐스텔라노스 분)는 종적도 없이 사라져 버린다. 과연 샤론의 정체는 무엇일까? 그는 전문 밀렵꾼이며 뱀 수집가로 100만 달러이상의 돈벌이가 되는 아나콘다를 찾아 이들과 합류했던 것이다. 그러나 샤론의 음모와 정체를 알게 되었을 때 그들은 이미 아나콘다의 근거지에 들어선 상태였다. 거대한 아나콘다의 위협이 서서히 다가오는 가운데 샤론은 게리의 동조로 배의 실권을 쥐게 되고, 아나콘다를 생포하려는 샤론에 의해 게리와 그의 연인인 데니스(Denise Kalber: 카리 살린 분)는 아나콘다의 희생양이 되고 만다. 아나콘다의 끔직스런 육식현장을 목격하게 된 테리는 엽총으로 아나콘다를 사살하지만 이들은 이 아나콘다보다 더 잔인스럽고 음흉한 샤론과 위협적이고 사나운 수컷 아나콘다와 또다시 마주하게 되는데.

유엔 평화봉사단인 더글라스(데이빗 튤리스 분)는 공무 수행차 남태평양 자바해 상공을 비행하다가 추락한다. 더글라스는 항해 중이던 몽고메리(발 킬머 분)란 과학자에게 구조되고 조난 사실을 알리기 위해 그들을 따라 낯선 열대섬에 상륙한다. 섬에는 노벨상을 수상한 유전학자 모로 박사(마론 브란도 분)가 살고 있었다. 더글라스는 그의 딸 아이사(페루자 벌크 분)를 만나 이국적이고 아름다운 용모에 매혹된다. 그런데, 그날 밤 몽고메리는 더글라스를 방에 가둬버린다. 수상한 낌새를 눈치챈 더글라스는 섬을 조사하기로 결심한다.

비와 안개의 나라로 알려진 영국 날씨, 정상적인 날씨를 위해 작동 중인 기상안전보호 프로그램에 이상이 생긴다. 날씨는 국가 안보와 밀접한 관련이 있기 때문에, '마더(mother): 짐 브로드벤트 분)'라 불리는 영국 첩보국장은 일급 비밀요원 존 스티드(John Steed: 랄프 피네스 분)를 시켜 이 사건을 조사하게 한다. 존은 중절모와 잘 다듬어진 테일러 양복을 입은 전형적인 영국 신사. 어떤 상황에서도 절대 흥분하지 않는 그는 사안이 사안인지라 날씨에 능통한 기상학 박사 에마 필(Emma Peel: 우마 써먼 분)을 파트너 삼아 사건을 조사한다. 존과 에마는 유력한 용의자로 의심되는 어거스트 드 윈터 박사(Sir August de Wynter: 숀 코넬리 분)를 찾아가고 여기서 존은 에마와 똑같은 사람의 공격을 받는다. 그러나 이는 어거스트가 에마와 똑같은 인물을 복제해 사람들을 혼란케 하고 에마를 위험에 몰아넣어서 자기 편으로 삼고자 하는 전략이다. 어거스트의 진짜 목적은 기괴한 날씨를 수단삼아 전 세계를 혼란에 빠뜨리고, 자기가 직접 날씨를 조작, 이를 팔아서 부와 권력을 손에 쥐려하는데 있다. 어거스트와 무시무시한 음모를 막고 평화를 지키려는 존과 에마의 싸움은 시작되었다.