Dieci anni dopo i fatti del primo episodio, un altro, più evoluto Terminator viene inviato sulle tracce di Sarah Connor: stavolta l'obbiettivo è il figlio John, il futuro leader della ribellione alle macchine che stanno per conquistare il mondo. Ma anche i ribelli, dal futuro, cercheranno di provvedere alla protezione del ragazzo.

Bruce Wayne, figlio di un illuminato filantropo di Gotham City, vede i suoi genitori assassinati da un rapinatore. Incapace di liberarsi del senso di colpa, inizia un vagabondaggio che lo porta fin sulle vette dell'Himalaya, dove Ra's Al Ghul e il suo fido Ducard lo iniziano alla lotta contro il male. Wayne è deciso a servire la giustizia, e una volta tornato a Gotham trova in Falcone, potente trafficante di droga, e in Crane, altrettanto corrotto psichiatra, due acerrimi nemici, dietro ai quali però pare celarsi qualcuno di ancor più potente. L'unico modo per combatterli è diventare Batman, un simbolo che dia forza e speranza alla gente.

Una congiunzione provoca l'apertura di un varco attraverso cui una forza penetra nel nostro universo. Gli antichi egizi lo sapevano, ed anzi erano i custodi dell'arma capace di arrestarla, basata sulla fusione dei quattro elementi primari: terra, acqua, fuoco e aria, e di un quinto elemento. Ma agli inizi del ventesimo secolo scendono sulla Terra i Mondoshawan, esseri superiori e benefici che portano via l'arma, promettendo di restituirla. Il momento arriva nel 2259, quando il passaggio si riapre e l'universo è di nuovo minacciato. I Mondoshawan rispediscono sulla Terra l'arma con il quinto elemento, l'amore, incarnato in Leeloo, ma l'astronave viene intercettata e distrutta dai Mangalore. Fortunatamente dal relitto vengono estratti resti sufficienti a clonare la ragazza, ma la nuova Leeloo non ricorda nulla di sè nè del compito che l'attende. Fuggendo si imbatte nel tassista Korben Dallas, che l'aiuterà a recuperare gli altri quattro elementi e a salvare il mondo.