Leonard Shelby otsib meest, kes vägistas ja mõrvas tema naise. Tema naise mõrvari leidmist raskendab aga asjaolu, et ta kannatab harvaesineva ja ravimatu lühiajalise mälukaotuse all. Kuigi ta suudab meenutada üksikasju elust enne õnnetust, ei mäleta Leonard, mis juhtus viisteist minutit tagasi, kuhu ta läheb või miks.

Aastal 2035 mõistis James Cole süüdimatult vabatahtlikult tagasi vabatahtlikud, kes saadeti tagasi, et avastada surmav viirus, mis hävitas peaaegu kogu maakera elanikkonna ja sundis ellujäänud maa-alustesse kogukondadesse. Kuid kui Cole saadetakse ekslikult 1996. aasta asemel 1990. aastasse, arreteeritakse ta ja ta lukustatakse vaimuhaiglasse. Seal kohtub ta psühhiaatri dr Kathryn Railly ja kuulsa viiruseeksperdi poja Jeffrey Goinesega, kellel võib olla salapärase petturirühma - 12 ahvi armee - võti, kes vastutab tapjahaiguse vallandamise eest.

Itaalia kalalaeva meeskond päästab amneesiaki, kui see ujub merel. Tal ei ole identiteeti ega minevikku, kuid tal on terve rida erakordseid andeid keele-, võitlus- ja enesekaitsekunstis, mis viitavad riskikutsele. Segaduses ja segaduses teeb ta meeletu otsingu, et teada saada, kes ta on ja miks on tema elu võtnud sellise ohtliku pöörde.

Mälukaotusega tippagendi Jason Bourne'i (Matt Damon) meeletud seiklused jätkuvad. Seekordses filmis üritab ta lõplikult jälile saada enda mineviku varjatud saladustele, kuid takistusi on palju. Teda jahivad politseinikud, CIA ja Interpol, kes soovivad kõik teda rajalt maha võtta - pingeline ajujaht kestab algusest lõpuni!