شش سال از اتفاقات قسمت اول گذشته است. اکنون «رالف» و «وانلوپ» با یکدیگر دوست هستند. آن‌ها یک روتر وای-فای پیدا می‌کنند و از طریق آن وارد یک ماجراجویی جدیدی می‌شوند ...
سی‌سال پس از پایان برنامه تلویزیونی محبوبشان، چیپ و دیل سنجاب‌ها زندگی بسیار متفاوتی دارند. هنگامی که یکی از بازیگران سریال اصلی به طور مرموزی ناپدید می‌شود، این زوج باید دوباره متحد شوند تا دوست خود را نجات دهند.
۴ دوست در باغ وحشی در نیویورک زندگی می‌کنند: الکس (شیر)، مارتی (گوره خر)، ملمان (زرافه) و گلوریا (اسب آبی). با گم شدن یکی از آن‌ها بقیه به دنبال او اسیر شده و به طور ناخواسته داخل قفس به آفریقا برگردانده می‌شوند و در همین حین یک اتفاق در دریا آن‌ها را به سمت سواحل ماداگاسکار می‌کشاند. آن‌ها با ورود به دنیای وحش با یک بومی ماداگاسکاری که نوعی میمون است آشنا می‌شوند. سرانجام قهرمان داستان ما با واقعیت‌های مقدر شده طبیعت مواجه می‌شود و…
بیشتر موجودات کره زمین مرده‌اند و بازماندگان هم بخاطر تهاجم موجودات ناشناخته مجبور هستند که در شهرهای حفاظت شده زندگی کنند. زمین تقریبا تبدیل به یک ویرانه شده و مورد هجوم موجودات بیگانه‌ای قرار گرفته است که بوسیله‌ی یک شهاب سنگ به زمین آمدند و برای همه موجودات سیاره یک خطر بزرگ محسوب می‌شوند. آکی راس تلاش می‌کند به دکتر سید و کاپیتان گری ادوارد و گروهش کمک کند تا بصورت غیر نظامی از شر این موجودات ناشناخته خلاص شوند اما…