SEELE nem hagyja annyiba a NERV sikereit. Támadást indít a központ ellen. Nem bízzák a véletlenre, ugyanis minden egységüket a központra küldik. Shinji megtörve elbújik a NERV központban a többiek elől. Miután a katonák bejutnak a létesítménybe, kíméletlenül elintéznek mindenkit, akik az útjukba állnak. A feladatuk a három pilóta likvidálása (Shinji, Rei, Asuka). Misato Shinji keresésére indul, de a SEELE beveti a titkos fegyverét, az UNIT 05-ket. Ezek a gépek már pilóták nélkül működnek. Asuka az EVA 02-vel felveszi a harcot ellenük. A feszültség egyre fokozódik, amikor is a harc közepette valami megváltozik. Valami, amit eddig soha nem éreztek. Vajon Misato idejében megtalálja Shinjit, és sikerül-e a NERV-nek visszaverni a támadást? De az egyszer biztos, a döntés ismét Shinji kezébe kerül!
Metsző hidegbe dermedt alföldi kisváros. Bár lakják - de lakói élettelen öröm és szenvedély nélküliek, szívük helyén méreg, harag, rosszindulat és keserűség. Éppen olyanok, mint a fagy, amely körülveszi őket. Az élet valahol másfelé történik. Egy nap cirkuszi sátor emelkedik a város főterén, benne a nagy mutatvány: egy kitömött bálna. Sereglik a nép látni a páratlan csodát. A felbolydult állapot a titokzatosságba burkolódzó cirkuszi jövevénynek, a Hercegnek kedvez, aki afféle "negatív" messiásként a település minden lakójában lerombolja a maradék reményt és hitet.
Marion, az ötvenes éveiben járó egyetemi tanárnő a német filozófiáról készül könyvet írni. Hogy minél jobban el tudjon mélyülni a témában, tanulmányi szabadságot vesz ki és egy albérleti szobába költözik. A vékony falak miatt kénytelen nyomon kísérni a szomszédos lakást bérlő pszichiáter rendelőjében folyó beszélgetéseket. Főleg az egyik páciens, Hope van nagy hatással rá, aki azért került a pszichiáterhez, mert elvesztette házasságába és az életbe vetett hitét. A nő vallomásai Mariont is számadásra késztetik...
Két férfi, két szerelem, két különböző út. Jan Olavot szinte villámcsapásként éri a szerelem, mikor megismerkedik a titokzatos Narancs Lánnyal. Onnantól kezdve, hogy megpillantja, úgy érzi magát, mintha a föld fölött lebegne, és a világon semmi más nem számítana, csak ez a lány. Georg számára is ezüst tálcán érkezik a szerelem, ő viszont nem igazán van tisztában a saját érzéseivel, ez az egész neki olyan idegen... A két szerelmes történetet 20 év választja el egymástól: Georg valójában Jan Olav fia, és a tőle kapott levél - melyben leírja találkozását a Narancs Lánnyal -, segít neki rádöbbenni arra, hogy semmiképp sem hagyhatja, hogy eme hirtelen jött szerelem kicsússzon az ujjai közül.