Année 2015, Japon. Grâce à une reprise de l'économie et de la consommation, les rescapés du dernier cataclysme tentent de survivre dans la nouvelle ville forteresse de Tokyo-3. Mais ce monde en pleine renaissance subit régulièrement les assauts inexpliqués de monstres gigantesques appelés Anges. Pour contrer leurs effets destructeurs, le gouvernement fait appel à une organisation secrète, la NERV, et à ses êtres à la fois organiques et cybernétiques contrôlés par des enfants : les Evangelions.

Alors qu'elle est encore au collège, Kyôko fait partie de ces jeunes filles que la société considère comme "perdues" : elle ne va pratiquement plus en cours, participe à des bagarres de rue, etc. Un jour, alors qu'elle se rend au collège pour la première fois depuis des semaines, elle est intriguée par un jeune professeur stagiaire : Katsuya Honda.

Un nouveau Digimon doté de supers pouvoirs sort de son œuf et commence à absorber toutes sortes de données digitales à un rythme effréné. Ce Digimon de l'Internet évolue bientôt vers son milieu, Diabormon, et finit par maîtriser tous les moyens de communication de notre planète. Il prépare alors une explosion nucléaire au Japon. Le temps presse et seuls les efforts combinés d'un réseau international d'enfants, épaulés par un nouveau héros Digimon baptisé Omnimon, peuvent empêcher ce désastre à grande échelle. Dans une deuxième aventure, un des plus fervents supporters des digi-élus est un jeune Américain nommé Wallace, par ailleurs compagnon de jumeaux Digimon. Cependant, le combat qui fait rage sur le Web finit par le séparer de l'un de ses amis.