Osemročná Satsuki a jej malá sestra Mei sa spolu s otcom presťahovali na vidiek. Ich vážne chorá mama je hospitalizovaná v blízkej nemocnici. Starý, zanedbaný dom, v ktorom už dlho nikto nebýval sa stal ich novým domovom. Dievčatá sa okamžite pustia do upratovania a zveľaďovania. Jedného dňa počas hrania sa dvore pred domom zazrie malá Mei malinkú bytosť, ktorá nesie vrecúško so žaluďmi. Nasleduje ju do lesa, kde stretáva Totora, obrovskú chlpatú potvoru veľkú ako malý dom...

Vodca Rakeťákov, Giovanni, konečne dopátral. V odľahlej oblasti regióne Johto našiel Mewtwoa, ktorého sa okamžite snaží odchytiť. Ash a jeho priatelia sú unesení Dominou, novou členkou Rakeťákov, a zároveň sa snažia zachrániť Pikachua, ktorého zase majú Jessie a James. Klonovia Pokémonov sú tiež odchytený, a tak sa stávajú návnadou pre Mewtwoa. Nastáva bitka medzi Mewtwo a Giovannim. Ako toto len môže dopadnúť?

Nad Greenfieldom sa rozpútala krištáľová katastrofa a Ash, Pikachu a priatelia musia prísť na to, ako napraviť škody na kedysi krásnom meste. Stane sa však nemysliteľné, keď Ashovu matku unesie mocný Entei, o ktorom sa predpokladalo, že Pokémon existoval iba v legendách. Teraz sa musí Ash vydať na jej záchranu, neistý tým, čo odhalí, keď odomkne skutočnú tajomnú moc stojacu za udalosťami: mladé dievča, ktorého svet snov sa mení na nočnú moru vďaka tajomným a nezastaviteľným Unownom!