Lemmikien salainen elämä 2 jatkaa kesän 2016 hittianimaation tarinaa lemmikeiden elämästä sillä aikaa kun omistajat ovat poissa.

Toivoton sähläri Johnny English pääsee onnekkaiden yhteensattumien kautta Britannian salaisen palvelun huippuagentiksi. Eikä aikaakaan kun saarivaltakunta joutuu historiansa vakavimpaan kriisiin. Kun kruununjalokivet varastetaan, monarkian ja koko maan kohtalo on vaakalaudalla. Johnny English ja hänen uskollinen apurinsa Bough ovat vakuuttuneita siitä, että salajuonen takana on kavala ranskalaispohatta Pascal Sauvage, mutta heidän on todistettava epäilynsä. Avukseen vakoilun kävelevä katastrofi saa hehkeän Lorna Campbellin, joka joutuu tämän tästä pelastamaan MI6-miehet pulasta.

Sanfranciscolaisen poliisin Frank Connorin poika on kuolemaisillaan ja ainoastaan luuydinsiirto voi hänet pelastaa. Ainoa sopiva luuydin on vankilassa istuvalla psykopaattisella murhaajalla, jonka suostutteleminen ytimenluovutukseen vaatii melkoisesti lievennyksiä miehen tiukkoihin vankilarutiineihin. Paatunut rikollinen käyttää tilannetta hyväkseen ja pakenee. Connor on lähes ainoa, joka yrittää saada miehen kiinni hengissä.