U izmišljenom gradu Hill Valley, tinejdžer Marty McFly (Michael J. Fox) slučajno otputuje u prošlost, točnije u 1955. godinu, u vremenskom stroju koji je izumio njegov prijatelj, znanstvenik dr. Emmett Brown (Cristopher Lloyd). Sve što Marty napravi u 1955. utjecat će na budućnost, a ugrozit će čak i vlastitu egzistenciju.
Thomas A. Anderson čovjek je koji živi dva života. Po danu je običan kompjuterski programer, a po noći haker po imenu Neo. Neo je uvijek ispitivao stvarnost, no istina je daleko od onog što je zamišljao. Kada se nađe na meti policije, kontaktira ga Morpheus, legendarni haker kojeg vlada smatra teroristom. Morpheus pokaže Neu pravi svijet, pustoš u kojem je većina ljudi zarobljena od strane strojeva koji žive od ljudske tjelesne topline i energije, a njihove mozgove zarobljuju u umjetnoj stvarnosti nazvanoj „The Matrix“. Kao pobunjenik protiv strojeva, Neo se mora vratiti u Matrix i suočiti sa agentima – super-moćnim kompjutorskim programima kojima je jedina misija riješiti se ljuskih pobunjenika.
Suzu je sramežljiva srednjoškolka koja živi u ruralnom selu. Godinama je samo sjena same sebe. Ali kada uđe u "U", masivni virtualni svijet, bježi u svoju online personu kao Belle, svjetski poznata pjevačica. Jednog dana njezin koncert prekida monstruozno stvorenje koje proganjaju osvetnici. Kako njihov lov eskalira, Suzu kreće u emocionalnu i epsku potragu kako bi otkrila identitet tajanstvene "zvijeri" i otkrila njezino pravo ja u svijetu u kojem možete biti bilo tko.
Evan Treborn, mladić koji se bori da nadvlada bolna sjećanja iz djetinjstva, otkriva tehniku koja mu omogućuje da putuje natrag u vrijeme i okupira djetetovo tijelo kako bi promijenio tijek svoje mučne povijesti. Međutim, ona također otkriva da svaka mala promjena u prošlosti uvelike mijenja njegovu budućnost.
Tri godine nakon bitke Geonosisa ratovi klonova se konačno privode kraju. Obi-Wan Kenobi sada ima zaduženje za uništenje ostalih separatista Count Dooku i Grievousa. Palpatine je postao korumpiran, proglašavajući se carem, a zajedno s Anakinom Skywalkerom započinje stvaranje svog novog galaktičkog kraljevstva. Budući da se Anakin naposljetku pretvara u zlog Dartha Vadera, Padme se odlučuje skriti sve do kraja rata kada će na vidjelo izaći novi sukob.
Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja. Zionom, posljednjim uporištem ljudskog otpora strojevima smještenom duboko pod površinom Zemlje, vlada vijeće kancelara među kojima u Nea najviše vjeruje iskusni Hamann. Prilikom još jednog razgovora s Oracle, tijekom kojeg posumnja da je i ona dio Matrice, Neo dozna da što prije mora pronaći Ključara, čovjeka uz čiju pomoć bi mogao doprijeti do samog Arhitekta, stvoritelja Matrice. No da bi pronašao Ključara, Neo se mora susresti s podlim Merovingianom, šefom podzemlja i ljubavnikom lijepe Persephone...
Mladi, imućni i arogantni David može imati sve što poželi, ali osjeća se nepotpunim sve dok ne upozna ženu svojih snova. Vjeruje da je pronašao svoj "djelić koji nedostaje", ali nova veza ima razorne posljedice.
Spašavajući smrtno ranjenu Trinity i boreći se protiv agenta Smitha, okretni Neo, Odabrani kojem je proročica Oracle predvidjela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu. Dok on na virtualnoj postaji podzemne željeznice mora odabrati između života i smrti, u čemu bi mu mogli pomoći inženjer Rama-Kandra, otac djevojčice Sati, i zagonetni Skretničar, Morpheus, Trinity i Dječak suprotstavljaju se zlom Merovingianu. Kad se vrati među žive, Neo shvati da se mora vratiti izvoru i spoznati sama sebe, jer agent Smith svakim trenutkom postaje sve snažniji i opasniji. O ishodu njihova sukoba ovisi budućnost čovječanstva i pobjeda nad Matricom. U međuvremenu, strojevi se približavaju Zionu, a u obrani kolonije sudjeluje i odvažna Zee, supruga Neova suborca Linka. Istodobno, izdajnik Bane ubojstvom liječnice pokaže svoje pravo lice...
Film opisuje napad na SAD od strane komunističkih snaga iz Rusije i Kube, početkom osamdesetih i pokušaj male grupe iz gradića na srednjem zapadu da se odupre invaziji. Sovjetske i Kubanske trupe započinju iskrcavanje na nogometno igralište u srednjoj školi Colorado. U sekundi, trupe zauzimaju školu i pošalju grupu tinejdžera u planinu. Naoružani samo lovačkim puškama, pištoljima, strijelama i lukovima, tinejdžeri se bore da prežive, a KGB patrole pokušavaju ih uhvatiti.
Galaxina je realističan, sladostrasni android kojemu je dodijeljeno da nadgleda operacije međugalaktičke krstarice Svemirske policijske kojoj je kapetan nesposobni Cornelius Butt. Kada misija zahtijeva da posada broda bude desetljećima u stanju mirovanja, Galaxina je godinama usamljena, razvija emocije i zaljubljuje se u pilota broda, Thora.