Lõvi Alex, sebra Marty, kaelkirjak Melman ja jõehobu Gloria on ikka veel Madagaskaril, kuid vahepealse aja jooksul on sündinud sedavõrd hullumeelne plaan, et see võib isegi toimida. Nimelt on suutnud ettevõtlikud pingviinid seada töökorda vana lennukivraki ning nüüd kavatsevad sõbrad sellega tagasi koju lennata. Paraku püsib sõiduk õhus ainult natuke aega, millele järgneb hädamaandumine Aafrika südames. Seal kohtavad nad esmakordselt elus liigikaaslasi ning tutvuvad oma juurtega.

Spiooniagentuuri Kontroll peakorterit rünnatakse ning nende agentide võrk paljastatakse. Ülemal (Alan Arkin) pole pärast seda muud valikut, kui saata järgmisele missioonile kohmakas analüütik Maxwell Smart (Steve Carell), kes on unistanud alati koostööst agentuuri superstaari, agent 23-ga (Dwayne "The Rock" Johnson). Selle asemel saab tema partneriks imeilus, ent surmav agent 99 (Anne Hathaway). Väheste kogemustega Smart, kes on lisaks tehnilistele abivahenditele relvastatud vaid enda piiritu entusiasmiga, peab nüüd vastu astuma kuritegelikule organisatsioonile KAOS ning selle ohtlikule liidrile Siegfriedile (Terence Stamp).