Томас Андерсон (Кијану Ривс) је програмер који ноћу води тајни живот као хакер Нео. Он жели да сазна одговор на питање Шта је то Матрикс? Морфеус (Лоренс Фишбурн) је најтраженији светски хакер који ступа у контакт са Неом и упознаје га са правом природом света у коме се налази. Година није 1999., као што Нео мисли, већ 2199. и људи се боре против машина насталих на почетку 21. века. Планета је прекривена црним облацима које је створио човек како би спречио машине да користе соларну енергију, а као одговор на то машине су до енергије долазиле користећи људска тела као батерије. Свет који Нео познаје од рођења је само симулација направљена како би машине лакше контролисале људе док их држе на апаратима преко којих долазе до потребне енергије. Морфеус је убеђен да је Нео Одабрани, за којим је трагао целога живота. Човек који по легенди има неограничену контролу над Матриксом и који ће одвести људе у победу над машинама.
Вербал Кинт је једини сведок који може да каже нешто о неуспешној акцији полиције у којој је погинуло много људи и нестало пуно кокаина у експлозији и пуцњави на броду. Иако у почетку одбија да ишта ода, јако брзо попушта под претњама и објашњава како се група првокласних криминалаца нашла на том броду. Надимак Вербал је и добио по свом великом језику који не зна увек да контролише. Своју причу почиње од догађаја који се десио пет дана пре експлозије и пожара на броду.
Јуда Бен-Хур је имућни јевреј из Јерусалима за време римске империје у 1. веку. У град долази стари Јудин пријатељ Месала, који је у Риму постао војни заповедник. Јуда жели да Римљани оду из Јудеје, док Месала мисли да римљани требају и даље да владају. Током параде, са Јудине куће отпадне део старог крова и замало убије важног госта. Месала окриви Јуду и пошаље га у робље, а његову мајку и сестру у затвор. Јуда се заклиње на освету. Када је путовао по Јудеји као роб, срео је Христа. Након неколико година доспева на ратни брод Квинта Арија и када у току битке брод потоне, он спаси Арија. Зачуђен његовим понашањем, Арије га прогласи сином. Тако је поново постао богат, па се враћа у Јерусалим, изазива Месалу на трку двоколицама и побеђује. Месала му на самрти говори да су му мајка и сестра оболеле од губе. Одлази у долину где губавци живе и налази их. Након тога сведоци су разапињања Христа и тад се деси чудо, његова мајка и сестра оздраве.
Шест месеци након догађаја приказаних у Матриксу, Нео се показао као добар знак за слободне људе, јер се све више људи ослобађа од матрикса и одводи на Зион, једно и једино упориште Отпора. Нео је сам открио своје супермоћи, укључујући супер брзину, способност да види кодове делова унутар матрице и одређени степен самоспознаје. Али гадна вест погађа људски отпор: 250.000 сензора машина копа за Зиона и достићи ће их за 72 сата. Како се Зион припрема за коначни рат, Оракл саветује Неа, Морфеуса и Тринити, да пронађу израђивача кључева који ће им помоћи да дођу до извора. У међувремену, Неов понављајући сан који приказује Тринитину смрт га забрињава и као да то није довољно, агент Смит је некако избегао брисање, постао је моћнији него раније и одабрао Неа као његову следећу мету.
Трећи део култног филма Матрикс. Људски град Зион брани се од масовне инвазије машина док се Нео бори да заврши рат на другом фронту, а такође се супроставља и Агенту Смиту.