Το λιοντάρι Άλεξ, η ζέβρα Μάρτι, η καμηλοπάρδαλη Μέλμαν, ο ιπποπόταμος Γκλόρια και τρεις... πιγκουίνοι, ενώ έχουν ζήσει όλοι τους τη ζωή σε ένα ζωολογικό κήπο, κατά λάθος αποβιβάζονται στα παράλια της Μαδαγασκάρης. Εκεί, θα διαπιστώσουν ότι η ζωή στην άγρια φύση δεν είναι καθόλου εύκολη, ακόμα και για τα πιο... άγρια ζώα!
Τα δύο γαϊδουράκια, η Χάνκυ και ο Σπάνκυ, προσπαθούν να συναναστραφούν με ένα ζευγάρι καθαρόαιμων αλόγων κούρσας. Ο Σπάνκι περιφρονείται βασιλικά από τα δύο, το ένα εκ των οποίων είναι ένα φρόνιμο άλογο με μπούκλες. Όταν ο μικρός Σπάνκι σώζει το πουλάρι από έναν τρελό ταύρο, τα καθαρόαιμα άλογα είναι πολύ πρόθυμα να γίνουν φίλοι.
Το ροχαλητό του Ποπάυ κρατάει ξύπνιο ένα ποντίκι που κατοικεί στο σπίτι του. Το ποντίκι αντεπιτίθεται, ενώ ο Ποπάυ κάνει ένα λάθος: το παγιδεύει σε ένα κονσερβοκούτι με σπανάκι που δεν είναι εντελώς άδειο.