Prošlost Jason Bournea vraća se po njega. U drugom dijelu sage o tri filma koja se temelji na životu Jason Bournea, bivšeg CIA-inog agenta koji gubi pamćenje i dok se bori da ga oporavi i otkrije tko je on, našao se uključen u mrežu špijunaže i vladine manipulacije od strane Sjedinjenih Država gdje će ga progoniti profesionalni ubojice, paravojni plaćenici i bivši CIA-ini drugovi. Film započinje u Goi u Indiji, gdje su Jason i Marie otišli živjeti da bi se sakrili od Treadstonea, ali tamo ima bivšu tvrtku agent ih locira i progoni. Jason Bourne započinje svoju avanturu da otkrije svoju prošlost sjećanjem se dijela toga i progoni agenta koji se također predstavlja kao on.
Opsjednuti znanstvenik provodi nečasne pokuse u evoluciji, da bi se na kraju postavio kao samozvani polubog u rasi mutiranih, polu-ljudskih gadosti.
Graham Hess je protestantski pastor koji živi sa svoje dvoje djece i svojim bratom Merrill, bivšom bejzbol zvijezdom koja radi na benzinskoj postaji. Nakon smrti svoje supruge u prometnoj nesreći, Graham gubi vjeru i posljedično odustaje od svojih župljana. Jednog jutra kada se probudi i otkriva da su njegova djeca otkrila hladno otkriće na poljima kukuruza koja okružuju njegovu farmu.
Tijekom prevoženja u vojnu bolnicu, Eve (Natasha Henstridge), pogrešno smatrana mrtvom, rodi kći o kojoj se odluči brinuti doktor Abbot (Robert Knepper). Za nekoliko dana, Sara (Sunny Mabrey) razvija se u odraslu, prekrasnu ženu, pa Abbot ima planove stvoriti savršenu DNK koristeći Sarina jaja, nadajući se da će tako zaslužiti Nobelovu nagradu. Za asistenta poziva studenta Deana (Robin Dunne), koji će se naći usred Sarine potrage za savršenim partnerom za daljnje množenje. Neuspješni hibridi predvođeni Amelijom (Amelia Cooke) u svemu vide i svoju šansu.