بشریت به شیء مرموز و قیمتی در زیر سطح ماه که توسط کامپیوتر هوشمند H.A.L. 9000 در حال ماموریت کشف می شود، بر میخورد...
کوین کاستنر در نقش یک سرباز آمریکایی بعد از شرکت در جنگ و نشان دادن شجاعت خود جایی را برای سکونت دور از مردم انتخاب می‌کند، به مرور زمان با سرخ‌پوست‌ها ارتباط برقرار می‌کند و عامل این ارتباط هم زنی سفیدپوست است که چند سرخ پوست خشن در زمان کودکی پدر و مادرش را به قتل رساندند و حال وضعیت روانی مناسبی ندارد.
«دوروتی» (گارلند) که در مزرعه‌ای در کانزاس نزد خویشاوندانش زندگی می‌کند، در اثر گردبادی به سرزمین‌هایی بر فراز ابرها و آن سوی رنگین کمان می‌رود…
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
قرن دوازدهم، بالیان (اورلاندو بلوم) در دوره جنگ‌های صلیبی به اورشلیم می رود، و در آنجا به تنها رهبر مردم برای دفاع از شهر، در برابر نیروهای صلاح الدین تبدیل میشود.
موجودات فضایی به زمین می آیند و تنها هدفشان نابودی و غارت است...
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.