Em 2029, numa sociedade altamente computorizada, um dos maiores avanços consiste nuns implantes cerebrais que transformam os seres humanos em ciborgues. Entre estes está uma agente secreta cuja missão é apanhar um perigoso hacker.

Esta é a história de um homem marcado por uma imagem de infância. A cena que o perturbou por sua violência, e cujo significado compreenderia apenas muito mais tarde, ocorreu na plataforma principal do aeroporto de Orly, alguns anos antes do início da III Guerra Mundial

Após o incidente na União do Sudeste Asiático em 2116, Shinya Kogami retoma sua jornada errante. Em uma pequena nação do sul da Ásia, Kogami resgata um ônibus de refugiados sob ataque das forças armadas da guerrilha. Entre os refugiados está uma jovem chamada Tenzin, que implora a Kogami que a ensine a retaliar contra o inimigo. O que a garota que deseja vingança e o homem que a vingou veem quando olham para a beira de um mundo do qual não há como escapar?

Continuando a história baseado no jogo de sucesso de PlayStation® Final Fantasy VII, dois anos se passaram desde que as ruínas de Midgar permaneceram como um atestado dos sacrifícios realizados para que a paz fosse mantida. Entretanto, o mundo irá enfrentar em breve uma nova ameaça. Uma misteriosa doença está se espalhando rapidamente. Antigos inimigos estão ativos. E Cloud, que se afastou da vida de herói para viver em solidão, deve se apresentar mais uma vez...

2112; no verão anterior, Akane Tsunemori foi designada para a Divisão Um do Departamento de Investigação Criminal da Secretaria de Segurança Pública. Teppei Sugo, um piloto bem-sucedido da 15ª Força-Tarefa Integrada do Exército de Defesa, junta-se à operação militar em Okinawa. Três meses depois, um drone de combate não tripulado abre fogo contra o Ministério da Defesa em Tóquio. O executor Tomomi Masaoka da Divisão 1 do CID é despachado para a base militar de Sugo para investigar a verdade por trás deste caso.