Ένας χάκερ ανακαλύπτει ότι ο κόσμος γύρω του αποτελεί μια προσομοίωση της πραγματικότητας. Η ανθρωπότητα, εν αγνοία της, συντελεί στον ίδιο της τον αφανισμό, εκτός αν βρεθεί κάποιος να την αφυπνίσει.
Η πορεία μιας ομάδας πεζοναυτών προς την πλήρη ηθική και ψυχική πώρωση, από τη σκληρή εκπαίδευση που υφίστανται στο Κέντρο μέχρι την αποστολή θανάτου την οποία αναλαμβάνουν στον πόλεμο του Βιετνάμ.
Ένας αστυνομικός της Νέας Υόρκης αντιμετωπίζει συντριπτικά γεγονότα όταν η χριστουγεννιάτικη επίσκεψή του στην Καλιφόρνια διακόπτεται από μια τρομοκρατική εισβολή στο κτίριο γραφείων της εν διαστάσει συζύγου του.
Όπως πολλά πράγματα, ξεκίνησε σαν ένα παιχνίδι στο όνομα της επιστήμης. Είκοσι άντρες. Δύο εβδομάδες. Με αντάλλαγμα δύο χιλιάδες δολάρια. Σκοπός, η μελέτη της ανθρώπινης συμπεριφοράς στο περιβάλλον μιας φυλακής. Οκτώ άντρες γίνονται οι "φύλακες" και οι υπόλοιποι δώδεκα παίρνουν τη θέση των κρατουμένων, μέσα σε πραγματικά κελιά. Οι τελευταίοι πρέπει να πειθαρχήσουν σε μια σειρά κανόνων και οι πρώτοι να επιβάλλουν την τάξη, όπως ακριβώς θα έπρεπε αν ήταν πραγματικοί φυλακισμένοι. Σιγά σιγά, η διαχωριστική γραμμή ανάμεσα στο"πείραμα" και την πραγματικότητα σβήνει και τα πράγματα ξεφεύγουν από τον έλεγχο.
Κατά τη διάρκεια των καλοκαιρινών διακοπών, ο Ντάνι, ένας νεαρός «επαναστάτης χωρίς αιτία», ερωτεύεται τη Σάντι, που μόλις κατέφθασε από την Αυστραλία. Οι δυο τους ζουν ένα φλογερό ειδύλλιο, που τελειώνει μόλις έρχεται το φθινόπωρο. Επιστρέφοντας όμως στο σχολείο, ο Ντάνι δεν αργεί να ανακαλύψει πως η Σάντι είναι πια συμμαθήτριά του! Ο Ντάνι είναι ατίθασος νέος και αρχηγός της συμμορίας T – Birds και δεν πρέπει να έχει αποκλειστικά μόνο μια κοπέλα… Επιπλέον, η Σάντι θεωρείται υπερβολικά «καθωσπρέπει» κορίτσι κι ο Ντάνι διστάζει να την προσεγγίσει ξανά. Άραγε ο έρωτας θα νικήσει ή ο Ντάνι θα απαρνηθεί την αγαπημένη του;
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Μια Γερουσιαστής καταφέρνει να πετύχει τη συμμετοχή μιας γυναίκας στην Ομάδα Υποβρυχίων Καταστροφών των ΗΠΑ, όπου όλοι περιμένουν πως θα τα παρατήσει.
Μια μέρα, ο Τζον συναντά τις δυο γειτόνισσές του, την Αν και την Κιμ, δυο πολύ όμορφες γυναίκες που τον προσκαλούν στο διαμέρισμά τους. Το διαμέρισμα είναι γεμάτο κονσέρβες κι εμφιαλωμένα νερά, λες και ετοιμάζονται για πολιορκία. Ο Τζον παραξενεύεται που δεν τις έχει συναντήσει ώς τώρα, ενώ αντίθετα εκείνες γνωρίζουν τον Τζον και την πρώην φίλη του πολύ καλά… Ο Τζον θα αφεθεί στα χέρια των δύο γυναικών οι οποίες θα τον παρασύρουν σ’ έναν κόσμο όπου θα του είναι αδύνατον να ξεχωρίσει το ψέμα από την πραγματικότητα…..
Οι τρεις άγγελοι του Τσάρλι, Natalie, Dylan και Alex αναλαμβάνουν νέα αποστολή. Πρέπει να εντοπίσουν έναν επιχειρηματία-εφευρέτη που έχει πέσει θύμα απαγωγής και να φροντίσουν η απόρρητη εφεύρεσή του να μην πέσει σε λάθος χέρια.