Κατά τη διάρκεια μιας από τις καθημερινές διαδρομές προς το αστεροσκοπείο του, ο καθηγητής Κάτερμας ανακαλύπτει μυστηριώδεις κυβερνητικές εγκαταστάσεις, περικυκλωμένες από φρουρούς και νάρκες. Περίεργος από αυτό το ασυνήθιστο θέαμα, ξεκινά μια έρευνα και ανακαλύπτει έναν αξιοσημείωτο μεγάλο αριθμό μετεωριτών στην περιοχή. Καθώς η έρευνα φτάνει σε κρίσιμο σημείο, ο Κάτερμας καταλήγει σε ένα τρομακτικό συμπέρασμα: εξωγήινοι εισβολείς. Το ανθρώπινο γένος απειλείται με αφανισμό.

Μετά τα τραγικά γεγονότα (της πρώτης ταινίας), ο Άντι Μπαρκλεϊ νοσηλεύεται σε ίδρυμα. Οι κατασκευαστές του Τσάκι προσπαθούν να διασώσουν την υπόληψη τους και να αποδείξουν ότι από την αρχή τίποτα κακό δεν έτρεχε με την κούκλα. Προσπαθώντας, φέρνουν στη ζωή ξανά την ψυχή του ψυχοπαθούς δολοφόνου Τσαρλς Λι Ρέι. Έτσι, ο Τσάκι είναι ξανά ελεύθερος στους δρόμους και διαμέσου πτωμάτων, προσπαθεί να εντοπίσει τον Άντι.

Μια θανατηφόρα ίωση έχει προσβάλλει όλο τον πλανήτη και τέσσερις φίλοι που προσπαθούν να σωθούν, αποφασίζουν να τραβήξουν για μια παραλία του Μεξικού. Στο δρόμο τους θα συναντήσουν διάφορα εμπόδια και όλοι μαζί θα πρέπει να παλέψουν για την επιβίωσή τους.

Μια εκλεκτή στρατιωτική ομάδα αποτελούμενη από ειδικούς χειριστές γνωστή και ως G.I. Joe (Global Integrated Joint Operating Entity) που ενεργεί κάτω από ειδικές περιστάσεις, αναλαμβάνει δράση για να εξουδετερώσει μια σατανική οργάνωση, η οποία καθοδηγείται από έναν διαβόητο έμπορο όπλων.

Μια σειρά από σκοτεινές δολοφονίες συγκλονίζουν την πόλη της Νέας Υόρκης, στις οποίες κάποια από τα θύματα βρίσκονται ακρωτηριασμένα, ενώ κάποια άλλα έχοντας επάνω τους χαραγμένη μια εξίσωση.