Zatôichi ist ein blinder Masseur und ein hervorragender Schwertkämpfer. Ein Yakuza-Boss versucht ihn vergeblich als Söldner anzuheuern. Ein gegnerischer Yakuza-Boss hat von dem Vorhaben Wind bekommen und seinerseits einen Schwertkämpfer bezahlt, um gegen Zatôichi anzutreten.

Kenji Yamamotos Vater starb an der Einnahme einer aufputschenden Droge. Sein Leben geriet in Verzweiflung. Kenji schloss sich daraufhin einem Verbrechersyndikat an. Dort lernt er den Boss der Bande, Hiroshi Shibasaki, kennen. Hiroshi geht auf Kenji zu und sie entwickeln eine Beziehung wie Vater und Sohn. Mit der Zeit hat Kenji seine eigene Familie.

Ein Jahr nach den Geschehnissen des ersten Teils kehrt Zatoichi (Shintaro Katsu) in das Dörfchen Iioka zurück, um dort im Tempel für den von ihm getöteten Ronin Hirate Miki zu beten. Doch dabei sind ihm die Häscher eines ranghohen Lords auf den Fersen, welchen Zatoichi zuvor massiert hatte und dabei seine geistige Behinderung entdeckte. Um diese peinliche Enthüllung zu verdecken heuern die Samurai den Yakuza-Boss Kanbei (Sonosuke Sawamura) an, um Zatoichi für immer zum Schweigen zu bringen. Um es noch schlimmer zu machen, befindet sich zu selben Zeit auch Zatoichis eigener Bruder Yoshiro (Tomisaburo Wakayama) im Dorf und trachtet Ichi nach dem Leben. Im Streit um eine Frau hatte Zatoichi den eigenen Bruder einst zum Krüppel geschlagen.

Nick Conklin, ein hartgesottener New Yorker Cop, soll mit seinem Partner Charlie den Yakuza-Killer Sato in Osaka den japanischen Behörden übergeben. Doch die beiden werden in eine Falle gelockt - Sato kann entkommen. Da Nick und Charlie bei den Ermittlungen ihrer japanischen Kollegen nur als Beobachter zugelassen sind, ermittelt Nick auf eigene Faust. Als er entdeckt, dass Sato in einen Falschgeld-Deal zweier Yakuza-Banden verstrickt ist, wird Charlie von Sato brutal ermordet...

So rasant Ishimatsus Aufstieg in der Hierarchie der japanischen Unterwelt ist, so schnell folgt auch sein Fall. Seine Respektlosigkeit verursacht mehr Probleme, als er durch Gewalt lösen kann. Aus einem Missverständnis heraus schießt er auf seinen Boss – der Anfang vom Ende. Als ausgestoßener Yakuza, zum Tode verurteilt, fällt Ishimatsu tiefer und tiefer. Und zieht in seinen Sturz alle mit hinein, Feinde wie Freunde.

Eun-jin (Eun-kyung Shin) ist 26 Jahre alt und Anführerin einer Triade. Es gibt zwar noch eine Art Paten über ihr, aber sie hat es doch geschafft, sich in dieser Männer dominierten Welt als Führerin zu etablieren. Als ihre Schwester an Krebs erkrankt und im Sterben liegt, will Eun-jin ihr jeden Wunsch erfüllen, das was ihre Schwester sich wünscht, ist dann doch eine Überraschung für die toughe Frau. Sie soll heiraten und am besten auch noch ein Kind bekommen. Da muss natürlich erst einmal der geeignete Mann her, und der wird dann auch in dem schüchternen etwas tollpatschig wirkenden Soo-il (Sang-Myeon Park) gefunden. Der ahnt natürlich nichts vom Beruf seiner Frau, ist nur ein wenig verwundert über die etwas seltsamen Methoden der Brautschau und die Typen in dunklen Anzügen die seine Frau umschleichen. Diese kurze Zeit der Irrtation bei Eun-jin bleibt auch bei den verfeindeten Triaden nicht unbemerkt und so muss sich die frisch Verheiratete schon bald heftig zur Wehr setzen...

Die Yakuza haben ihre besten Tage hinter sich und sind nur noch ein Schatten ihrer selbst. Die alten Rituale wirken aus der Zeit gefallen und ihre Tattoos machen sie zu Ausgestoßenen der Gesellschaft. Der unbedarfte Student Ryō stolpert eher zufällig in ihre Reihen, und ehe er es sich versieht, wird er in dunkle Machenschaften verstrickt. Rasch erliegt er der Faszination aus Allmachtsfantasien und hedonistischer Dekadenz und versinkt immer tiefer in einer Parallelwelt aus Prostitution, Erpressung und Gewalt. Eines hat Ryō in seiner Naivität jedoch nicht bedacht: Einmal Yakuza, immer Yakuza!