Scooby-Doo, Shaggy, Velma, Daphne og Fred samles nok en gang for å løse det mest fryktelig morsomme mysteriet i deres karrierer. Gjengen er på vei til en hjemsøkt øy i en sump for å undersøke spøkelset til piraten Moonscar.
Mediumet Elise Rainier står ovenfor sitt mest skremmende oppdrag noensinne når hun kalles inn til å rense et hus for onde ånder. Huset viser seg nemlig å være hennes eget barndomshjem, og noe grufullt har ventet på henne i skyggene der siden hun var liten.